猪let-7a靶基因预测及生物信息学分析

• 作者: 任巧玲 何俊丹 张家庆 李文嘉 王献伟 白红杰 邢宝松 陈俊峰 魏成斌
• 来源期刊: 家畜生态学报
• 学科: 农学
• 关键词: ssc-let-7a 靶基因 信号通路 颗粒细胞凋亡 卵泡闭锁
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 科学研究
• 页码范围: 14-21
• 页数: 8页
• 分类号: S811.5
• 字数: 5709字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1673-1182.2020.04.003

摘要

旨在通过对ssc-let-7a进行靶基因预测及生物信息学分析,探究其调控猪卵泡发育和闭锁的作用机制.利用荧光定量PCR技术对猪卵泡期不同状态的3种中等(3～5 mm)卵泡(健康卵泡(H)、早期闭锁卵泡(EA)和晚期闭锁卵泡(PA))的颗粒细胞中ssc-let-7a表达变化进行比较研究,利用过表达let-7a检测其对H2O2诱导颗粒细胞氧化损伤的保护作用;应用JASPAR、PROMO、Cytoscape等生物信息学软件和miRBase、Ensembl、NCBI等数据库对ssc-let-7a进行转录因子结合位点预测、保守性分析、靶基因预测、GO富集分析和KEGG信号通路富集分析.结果 表明:随着卵泡闭锁程度的加深,ssc-let-7a在颗粒细胞中的表达水平发生显著下调;过表达ssc-let-7a对H2 O2诱导猪颗粒细胞氧化损伤具有保护作用;ssc-let-7a在各物种间非常保守,其启动子区域有FoxO1/3等多个转录因子结合位点,278个靶基因主要参与细胞增殖、凋亡和分化生物学过程,其主要参与MAPK、TP53和TGF-β等信号通路.由此推测,ssc-let-7a受到FoxO等多个转录因子调控,它可能通过参与MAPK、TGF-β和TP53等通路的调节从而影响颗粒细胞的增殖或凋亡,进而影响猪卵泡发育.