基于RNA-seq数据的密斑刺鲀SSR分子标记开发及鉴定

• 作者: 于振豪 刘嘉鑫 周永森 江智景 王海山 陈攀 陈燕 马军 黄海
• 来源期刊: 南方水产科学
• 学科: 农学
• 关键词: 密斑刺鲀 转录组 简单重复序列 多态性位点
• 年，卷（期）: 2020,（1）
• 所属期刊栏目: 研究简报
• 页码范围: 127-136
• 页数: 10页
• 分类号: S917.4
• 字数: 6221字
• 语种: 中文
• DOI: 10.12131/20190147

摘要

以密斑刺鲀(Diodon hystrix)为研究对象,利用RNA-seq技术进行转录组测序及序列组装,最终获得221 762条Unigene序列,N50为2 240 nt,GC含量为46.20％.利用MISA软件从该转录组数据中搜索到106 221个符合条件的SSR位点,分布于62 451条Unigene中,发生频率为28.16％.优势重复单元为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,发生频率分别为48.99％、32.57％和14.72％,其中单核苷酸重复单元中以A/T为主,占总SSR位点数的46.21％,二和三核苷酸重复单元分别以AC/GT和AGG/CCT为主,占比分别为21.90％和2.70％.选取SSR长度大于等于20bp的位点设计了17 563个位点的引物,随机挑选160对位点引物进行扩增鉴定,筛选到95对有效扩增引物,占比为59.38％.通过多态性验证,最终获得30对稳定、可重复的多态性引物(占有效扩增引物的31.58％),其中15对引物表现出高多态性(PIC＞0.5),这些高多态性引物具有评估密斑刺鲀群体多样性的潜力.结果 表明,密斑刺鲀转录组数据可作为开发稳定的SSR标记的有效来源,该实验所开发的多态性SSR位点为进一步研究密斑刺鲀的遗传图谱和遗传多样性奠定了基础.