基于纳米孔测序技术的呼吸道病原体快速确认

• 作者: 叶福强 宋宏彬 张琪 张锦海 李鹏 林彦锋 汪春晖 王凯英 王太武 王长军 韩一芳
• 来源期刊: 分子诊断与治疗杂志
• 关键词: 纳米孔测序 MinION 病原体 快速检测
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 127-132,150
• 页数: 7页
• 字数: 4873字
• 语种: 中文

摘要

目的 验证纳米孔测序技术在呼吸道病原体应急检测中的可行性.方法 对某上呼吸道感染患者的咽拭子标本进行总核酸抽提并定量,接着进行cDNA的逆转录合成和测序文库构建,在便携式三代测序仪MinION上进行测序,然后对测序数据进行病原分类学分析,最后使用实时荧光定量PCR验证测序结果.结果 MinION在15h内共计产生188 063条有效序列.测序数据分析表明,在咽拭子样本中同时检测到人呼吸道腺病毒7型和甲型流感病毒H3N2亚型,分别有19和4条序列匹配到参考基因组.测序开始9h内,MinION已分别产出78.95％的7型腺病毒序列和100％的H3N2序列.从取样到初步获得鉴定结果,流转时间为18.6 h.实时荧光定量PCR与测序结果一致.结论 MinION用于呼吸道病原体的快速检测具有可行性,且具备同时检测多种病原体并对病原分型的能力,在暴发疫情和呼吸道病毒应急检测方面具有应用价值.