乳头状甲状腺癌差异表达基因的筛选及生存分析

• 作者: 刘中娇 刘曼 刘玲 周永维 庄振 张红梅 李晶 窦龙涛
• 来源期刊: 解剖学报
• 学科: 医学
• 关键词: 乳头状甲状腺癌 生物信息学 差异基因 生存分析 人
• 年，卷（期）: 2020,（1）
• 所属期刊栏目: 肿瘤生物学
• 页码范围: 51-57
• 页数: 7页
• 分类号: R736.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.16098/j.issn.0529-1356.2020.01.009

摘要

目的 利用生物信息学方法筛选乳头状甲状腺癌(PTC)的关键基因及其所在信号通路,探讨其致癌机制.方法 从基因表达综合数据库(GEO)的两个测序平台的7个GSE芯片中获得PTC和癌旁组织样本的数据.首先利用R语言分别筛选出两个测序平台样本的差异基因,然后通过Metascape和STRING对差异基因进行生物学功能、信号通路分析和蛋白质-蛋白质相互作用分析,最后利用Cytoscape 3.5.1软件筛选出关键基因.结果 两个测序平台的样本求交集共获得302个差异表达基因,其中149个基因上调,153个基因下调,利用Cytoscape 3.5.1软件筛选出15个关键基因,其中12个关键基因位于细胞外基质受体相互作用信号通路中.利用UALCAN数据库对15个关键基因进行生存分析,其中4个基因的表达水平变化与患者的生存时间紧密相关.结论 利用生物信息学技术对来自7个PTC基因芯片数据集的信息进行分析,弥补了小样本结果的不一致性,提高了结果的可靠性和稳定性,并且筛选出了15个关键基因,发现了细胞外基质受体相互作用信号通路在甲状腺癌的发生发展中的重要作用.