全基因组重测序分析4个毛竹变型的秆形和秆色变异

• 作者: 李娟 李雪平 牟少华 高健
• 来源期刊: 华北农学报
• 学科: 农学
• 关键词: 毛竹 全基因组重测序 基因变异 单核苷酸多态性 结构变异 小片段插入缺失
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·生物技术
• 页码范围: 96-105
• 页数: 10页
• 分类号: S795.7|Q78
• 字数: 6905字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7668/hbnxb.20191110

摘要

为揭示毛竹重要变型的全基因组突变类型,选取4个有代表性的毛竹变型,采用高通量重测序技术,进行全基因组重测序,测序深度12×.分别提取毛竹4个变型与参考基因组间发生非同义突变的SNP、CDS区发生InDel与SV的基因,比较可以发现,2个秆形变异的竹种圣音竹和厚壁毛竹基因组的变异基因数目和变异类型相近,而2个秆色变异的竹种黄槽毛竹和黄皮花毛竹基因组的变异数目和变异类型相近.4个毛竹变型均存在多个基因同时存在多种类型突变.将变异基因与GO、COG、KEGG等功能数据库进行比对、注释,共获得1739个参与细胞壁、细胞膜合成的基因,501个细胞骨架构建相关基因,1785个转录因子相关基因,1324个信号转导相关基因,104个赤霉素相关基因,76个激素代谢相关基因,1938个叶绿素合成相关的基因,73个类胡萝卜素合成代谢相关基因和68个花青素合成调控基因,这些差异基因分别在毛竹秆形和秆色调控方面起着重要作用.