BVDV新疆分离株非结构蛋白NS<em>3</em>生物信息学分析

• 作者: 何延华 吴桐忠 张倩 张星星 王震 钟发刚 韩猛立 黄新
• 来源期刊: 黑龙江畜牧兽医（下半月）
• 学科: 农学
• 关键词: 牛病毒性腹泻病毒 非结构蛋白NS3 抗原表位 跨膜区 信号肽 修饰化位点
• 年，卷（期）: 2020,（7）
• 所属期刊栏目: 兽医科学
• 页码范围: 73-76,152-153
• 页数: 1页
• 分类号: S852.65|Q78
• 语种: 中文
• DOI: 10.13881/j.cnki.hljxmsy.2019.08.0334

摘要

为了了解牛病毒性腹泻病毒(BVDV)非结构蛋白NS3的基本结构与生物学功能,试验利用Protparam,ProtScale,TMHMM,SignalP,Virus-mPLoc,SOPMA,Phyre 2,NetOGlyc 4.0 Server,NetPhos 3.1 Server,NetAcet 1.0 Server,Predicting Anti-genic Peptides,ABCpred,NetMHCIIpan 3.1 Server等软件,对BVDV新疆分离株非结构蛋白NS3进行生物信息学分析,包括NS3蛋白的理化性质、亲水性、跨膜区、信号肽和亚细胞定位,预测二级结构和三级结构、抗原决定簇、潜在的B细胞抗原表位和T细胞抗原表位,评估糖基化、磷酸化和乙酰化修饰位点.结果 表明:BVDV新疆分离株(GenBank登录号为JN704144.1)的非结构蛋白NS3共有683个氨基酸,包含20种氨基酸,分子式为C3338H5328 N9140 1009S27,相对分子质量为75 274.16,理论等电点为8.15.266个氨基酸参与无规律卷曲的形成,213个氨基酸参与α-螺旋的形成,147个氨基酸参与延伸链的形成,57个氨基酸参与β-转角的形成;构建的三级结构模型可信度为100％,蛋白覆盖率为91％;该蛋白质含有20个潜在的糖基化修饰位点,74个磷酸化修饰位点.该蛋白含有26个潜在抗原决定簇,其中B细胞抗原表位7个.对非结构蛋白NS3的CD4+抗原表位进行预测,得到78个肽段,其中有15个强结合肽段和63个弱结合肽段.说明该蛋白具有较好的免疫原性,为亲水性蛋白,无跨膜区和信号肽,定位于宿主的细胞质中.