基于SNP标记的紫薇遗传多样性分析

• 作者: 乔东亚 李亚 李林芳 杨如同 汪庆 王淑安 王鹏 高露璐
• 来源期刊: 南京林业大学学报（自然科学版）
• 学科: 农学
• 关键词: 紫薇属 SNP标记 遗传多样性 亲缘关系 聚类分析 遗传分化
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 专题报道
• 页码范围: 21-28
• 页数: 8页
• 分类号: S722.5
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2006.202003075

摘要

[目的]利用SNP标记对85份紫薇种质资源进行聚类分析,探究其遗传多样性,为紫薇品种选育和品种鉴定提供理论支持.[方法]以源于国内外的85份紫薇种质为材料进行简化基因组测序,采用Massarray技术筛选高质量的SNP标记,获得SNP分型数据.通过PowerMarker V3.25对SNP分型数据进行遗传多样性分析,计算多态性信息含量(polymorphism content,PIC)、期望杂合度(expected heterozygosity)、基因多样性(gene diversity)、遗传相似系数(genetic similarity,GS)等;基于Nei's 1972算法计算种质间遗传距离,通过MEGA 6.0构建NJ聚类图;同时根据堇、红、银、复色等4种花色对85份紫薇种质进行分群.利用GenAIEx 6.5对聚类群和花色群进行遗传多样性分析和AMOVA分析,分别计算聚类群和花色群的遗传分化参数.[结果]根据测序结果筛选出21个高质量的SNP标记,这些标记在85份紫薇种质中的多态性信息含量为0.04～0.37,平均含量为0.33;期望杂合度变化范围为0.05～0.49,平均期望杂合度为0.25;遗传相似系数为0.24～0.95.通过聚类分析,将85份紫薇种质划分为7大类群.类群Ⅵ的等位基因数最高,为2.00个;类群Ⅶ的等位基因数最低,为1.33个;类群Ⅰ的期望杂合度和观望杂合度值最高,类群Ⅱ最低.根据花色分为4个群组,分别为堇薇群、红薇群、银薇群和复色群.堇薇群的等位基因数最高(2.00个),复色群最低(1.33个);银薇群期望杂合度和观测杂合度最高,复色群最低.[结论]85份紫薇种质资源遗传多样性丰富,不同类群间存在较高的基因流;SNP标记适用于紫薇遗传多样性分析及亲缘关系研究,可为紫薇种质资源利用提供参考.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王鹏	江苏省中国科学院植物研究所	13	45	4.0	6.0
2	李亚	江苏省中国科学院植物研究所	16	229	5.0	15.0
3	乔东亚	江苏省中国科学院植物研究所	2	0	0.0	0.0
4	王淑安	江苏省中国科学院植物研究所	10	28	4.0	5.0
5	高露璐	江苏省中国科学院植物研究所	6	10	1.0	3.0
6	杨如同	江苏省中国科学院植物研究所	12	33	4.0	5.0
7	李林芳	江苏省中国科学院植物研究所	10	38	4.0	6.0
8	汪庆	江苏省中国科学院植物研究所	8	206	4.0	8.0