不同植物CHI基因密码子使用特性及其影响因素分析

• 作者: 刘满霞 李刚 李闯 秦进华 蒋守华 贾波 赵祥祥 陈香华
• 来源期刊: 扬州大学学报（农业与生命科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 植物 CHI基因 密码子使用偏好性 影响因素
• 年，卷（期）: 2020,（1）
• 页码范围: 76-84
• 页数: 9页
• 分类号: Q755
• 语种: 中文
• DOI: 10.16872/j.cnki.1671-4652.2020.01.014

摘要

查耳酮异构酶(CHI)是类黄酮生物合成早期阶段的一个关键酶,在种皮发育和颜色形成过程中具有重要的调控作用,利用生物信息学软件分析22种植物CHI基因的密码子使用偏好性特点及其影响因素.结果 表明:单子叶植物CHI基因偏好以碱基G/C结尾,而双子叶植物对碱基G/C和A/U结尾的偏好程度相似,双子叶植物具有较高的ENC值和较低的Fop值,表明双子叶植物CHI基因具有较弱的密码子偏好性;RSCU值聚类分析显示,AGG、AGA可能为植物CHI基因最优密码子;影响因素分析表明,不同植物CHI基因密码子不同位置的碱基组成差异程度较大,其偏好性主要受自然选择作用中的碱基组成(GC3s、GC12)影响较大,氨基酸平均亲水性(Gravy)对密码子使用偏好也有一定的影响;系统进化显示,大部分亲缘关系较近的物种密码子使用偏性也较相似,但某些传统分类上相似的物种存在一定的差异.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	蒋守华		2	0	0.0	0.0
2	秦进华		2	0	0.0	0.0
3	李刚		2	0	0.0	0.0
4	陈香华		1	0	0.0	0.0
5	李闯		2	0	0.0	0.0
6	贾波		1	0	0.0	0.0
7	刘满霞		1	0	0.0	0.0
8	赵祥祥		1	0	0.0	0.0