基于转录组数据的青蛤微卫星标记开发与验证

• 作者: 张雷雷 方军 李腾腾 沈彦鹏 邵艳卿
• 来源期刊: 应用海洋学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 海洋生物学 青蛤 微卫星标记 转录组
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 论文与报告
• 页码范围: 214-220
• 页数: 7页
• 分类号: P735|S917.4
• 字数: 4070字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/J.ISSN.2095-4972.2020.02.008

摘要

本研究利用青蛤(Cyclina sinensis)的转录组信息开发微卫星标记,共获得12418个微卫星位点.其中单核苷酸重复次数最多,共8422个,占比67.08％;其次是三核苷酸重复,共1501个,占比12.09％;双核苷酸的重复有1419个,占比11.43％.在所有重复单元类型中,A/T重复出现频率最高,占单核苷酸重复的48.75％.随机选取81对引物进行微卫星标记验证,最终获得27个具有多态性的微卫星标记.对30个青蛤进行多态性位点检测和评价,共扩增到等位基因99个,每个位点的等位基因数Na为2～6个,期望杂合度He为0.0333～0.8085,观测杂合度Ho为0.0000～0.6786,多态信息含量(PIC)为0.0323～0.7645,有19个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡(p<0.01).本研究开发的微卫星标记为青蛤的分子遗传学研究、种质鉴定和自然种群资源保护等研究提供了基础数据.