2型糖尿病患者心肌间充质细胞基因表达变化 及相关环境化学物的筛选

• 作者: 任晓梅 刘辉 张荣强 李熙蕾 李鹏 段佳琪 陈静
• 来源期刊: 中国医学科学院学报
• 关键词: 2型糖尿病 生物信息学 环境化学物
• 年，卷（期）: 2020,（1）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 37-46
• 页数: 10页
• 分类号: R567.1|R34
• 语种: 中文
• DOI: 10.3881/j.issn.1000-503X.11497

摘要

目的 基于全基因组高通量测序数据研究2型糖尿病(T2DM)患者心肌间充质细胞的基因表达情况,筛选差异表达基因,采用生物信息学分析评估T2DM心肌间充质细胞的遗传规律及环境因素对上述规律的影响.方法 从高通量基因表达公共数据库中获得数据集GSE106177,采用Network Analyst、Cytoscape、String11.0、CTD、HMDD等分析软件或数据库对数据进行预处理,筛选差异表达基因,进行生物学功能与信号通路富集分析,建立差异基因蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选相关环境化学物.结果 T2DM患者心肌间充质细胞的基因表达模式与对照组明显不同,共有135个差异表达基因,其中上调基因58个(42.96％),下调基因77个(57.04％);差异表达基因主要参与多细胞生物发育、解剖结构发展和系统发育等生物学过程,主要涉及肝细胞癌、库欣综合征、胆固醇代谢等通路.PPI网络显示,UBC为核心蛋白节点;microRNA-Gene交互作用网络显示,以hsa-mir-8485为代表的7个microRNA与差异表达基因具有交互作用关系;UBC、DNER、CNTN1等T2DM重要相关基因均与双酚A有交互作用关系.结论 T2DM患者心肌间充质细胞的基因表达模式发生明显改变,UBC可能在上述过程中发挥重要生物学作用,双酚A暴露也可能影响T2DM患者心肌细胞的发育和正常功能.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李鹏	陕西中医药大学公共卫生学院	13	78	6.0	8.0
2	陈静	兰州大学公共卫生学院营养与食品卫生学研究所	33	107	6.0	8.0
3	张荣强	陕西中医药大学公共卫生学院	68	140	6.0	8.0
4	刘辉	陕西中医药大学公共卫生学院	16	27	3.0	5.0
5	任晓梅	陕西中医药大学公共卫生学院	26	28	3.0	3.0
6	段佳琪	陕西中医药大学公共卫生学院	1	1	1.0	1.0
7	李熙蕾	陕西中医药大学公共卫生学院	1	1	1.0	1.0