高效富集肺癌及癌旁组织转录因子的技术-catTFRE

• 作者: 史学军 孙长青 李一鸣 王广舜 王辉 秦钧 谢辉 邓增华 陈振岗
• 来源期刊: 临床肺科杂志
• 关键词: 转录因子 富集 肺癌 癌旁
• 年，卷（期）: 2020,（1）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 111-116
• 页数: 6页
• 字数: 4059字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1009-6663.2020.01.026

摘要

目的 肺癌是中国发病率和死亡率最高的恶性肿瘤,治疗及预后并没有取得太大的进展.研究发现转录因子(transcription factor,TF)与肺癌的发生发展甚至预后关系密切.但在组织水平上大规模鉴定TF存在难度,本文首次利用catTFRE技术对肺癌及癌旁组织的TF进行富集,并初步探讨这些变化调控的生物过程.方法 取肺癌及癌旁组织样本,分别提取其的核蛋白,利用TF富集技术catTFRE,对癌及癌旁组织的TF进行富集,同时运用蛋白质组学手段,对表达差异的TF进行动态描绘和定量分析.对于鉴定到的发生变化的TF及蛋白,通过蛋白质组学方法iBAQ、KEGG信号通路等进行生物信息学分析.结果 癌症组平均鉴定到1431种蛋白,平均223种TF;癌旁组中平均鉴定到1383种蛋白,平均191种TF.癌症组与癌旁组相比,表达上调的蛋白和TF分别有378种和有108种,表达下调的蛋白和TF分别有245种和50种.对差异表达的TF及蛋白分析发现,如转录因子NFATc1、FOXA1等,VEGF信号通路、Notch信号通路等都与肺癌的发生发展相关.结论 catTFRE可高效富集肺癌及癌旁组织的TF,为接下来大样本、高数量鉴定肺癌组织的TF提供了技术支持,为未来对大规模肺癌的深入研究提供一些重要的依据和基础.