基于SLAF测序分析3个塔形马蹄螺群体的遗传结构和多样性

• 作者: 何毛贤 刘文广 欧泽奎 黄景
• 来源期刊: 热带海洋学报
• 关键词: 特异性位点扩增片段 塔形马蹄螺(Tectus pyramis) 遗传结构 种质资源
• 年，卷（期）: 2020,（5）
• 所属期刊栏目: 海洋生物学
• 页码范围: 1-18
• 页数: 18页
• 分类号: P735.54
• 语种: 中文
• DOI: 10.11978/2019136

摘要

塔形马蹄螺(Tectus pyramis),海洋软体动物,广泛分布于中国深圳大鹏湾、海南岛、西沙和南沙群岛的珊瑚礁生态系统中.文章采用特异性位点扩增片段简化基因组测序技术(SLAF-seq)对来自深圳(SZ)、三亚(SY)和西沙(XS)的塔形马蹄螺群体的遗传多样性和结构进行分析.通过测序共获得115.74Mb读长数据,平均测序深度为337.87倍,测序质量值(Q30)平均为94.07％.研究获得118679个多态性SLAF标签,获得846502个高度一致的群体单核苷酸多态性位点(SNPs),其中有155个显著差异SNPs.3个群体的平均观察杂合度(Ho)和期望杂合度(He)值分别为0.1441～0.1611和0.2537～0.2695.平均多态性信息含量(PIC)为0.2048～0.2176.通过系统发育树分析、主成分分析和聚类分析,将45个个体大致分为3个类群,每个群体的所有个体都可以聚类成一个类群.SZ和SY群体的遗传结构相似,遗传距离最低(0.2510),遗传分化系数Fst值最低(0.0818).但XS与其他两个群体间的遗传分化明显,尤其是XS和SZ群体(Fst=0.1868).3个群体的遗传分化可能与海流和地理位置有关.