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摘要:
研究黑果枸杞在不同浓度盐胁迫下基因表达谱变化情况,为进一步研究黑果枸杞抗盐分子机制奠定研究基础.对0(CK)、50、250 mmol/L NaCl溶液胁迫的黑果枸杞组培苗的根和叶在胁迫时间为0、1、12 h时分别取样,采用转录组测序(RNA-Seq)技术进行测序分析.结果表明,转录组测序共产生222.49 Gb原始数据,拼接出Unigenes 86037条,注释到7大功能数据库(GO、KEGG、KOG、NR、Pfam、Swiss-Prot和egg NOG)上的Unigenes总数为46594个,占总Unigenes的54.76%,还有38929个Unigenes在这些数据库中没有得到注释.通过GO分类和KEGG Pathway富集性分析,分别归于51个GO类别和211条代谢途径.差异表达基因分析显示,黑果枸杞叶片和根的上调基因和下调基因数随着NaCl浓度的增大和处理时间的延长均呈增加趋势,叶片中的上调基因数(7514)小于下调基因数(9032),根中的上调基因数(12347)大于下调基因数(11559).在黑果枸杞盐胁迫下转录组中发现28325个SSR位点,最多的为单核苷酸SSR,占70.47%.综合分析表明,黑果枸杞对盐胁迫的反应是一个多基因参与、多个生物过程协同调控的过程,基因表达量的变化可能是基因调控的主要方式.
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文献信息
篇名 NaCl胁迫下黑果枸杞转录组测序分析
来源期刊 生物技术通报 学科
关键词 黑果枸杞 盐胁迫 转录组测序 功能注释
年,卷(期) 2020,(2) 所属期刊栏目 研究报告
研究方向 页码范围 100-109
页数 10页 分类号
字数 语种 中文
DOI 10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2019-0492
五维指标
作者信息
序号 姓名 单位 发文数 被引次数 H指数 G指数
1 马瑞 甘肃农业大学林学院 45 238 8.0 14.0
2 马彦军 甘肃农业大学林学院 62 506 13.0 20.0
3 单立山 甘肃农业大学林学院 57 533 11.0 21.0
4 魏佳 甘肃农业大学林学院 5 2 1.0 1.0
5 段慧荣 中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所 2 1 1.0 1.0
6 Richard John Tiika 甘肃农业大学林学院 2 0 0.0 0.0
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研究主题发展历程
节点文献
黑果枸杞
盐胁迫
转录组测序
功能注释
研究起点
研究来源
研究分支
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引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
生物技术通报
月刊
1002-5464
11-2396/Q
大16开
北京海淀区中关村南大街12号
18-92
1985
chi
出版文献量(篇)
7180
总下载数(次)
42
总被引数(次)
53964
相关基金
中国博士后科学基金
英文译名:China Postdoctoral Science Foundation
官方网址:http://www.chinapostdoctor.org.cn/index.asp
项目类型:
学科类型:
论文1v1指导