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NaCl胁迫下黑果枸杞转录组测序分析
NaCl胁迫下黑果枸杞转录组测序分析
作者:
Richard John Tiika
单立山
段慧荣
马彦军
马瑞
魏佳
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
黑果枸杞
盐胁迫
转录组测序
功能注释
摘要:
研究黑果枸杞在不同浓度盐胁迫下基因表达谱变化情况,为进一步研究黑果枸杞抗盐分子机制奠定研究基础.对0(CK)、50、250 mmol/L NaCl溶液胁迫的黑果枸杞组培苗的根和叶在胁迫时间为0、1、12 h时分别取样,采用转录组测序(RNA-Seq)技术进行测序分析.结果表明,转录组测序共产生222.49 Gb原始数据,拼接出Unigenes 86037条,注释到7大功能数据库(GO、KEGG、KOG、NR、Pfam、Swiss-Prot和egg NOG)上的Unigenes总数为46594个,占总Unigenes的54.76%,还有38929个Unigenes在这些数据库中没有得到注释.通过GO分类和KEGG Pathway富集性分析,分别归于51个GO类别和211条代谢途径.差异表达基因分析显示,黑果枸杞叶片和根的上调基因和下调基因数随着NaCl浓度的增大和处理时间的延长均呈增加趋势,叶片中的上调基因数(7514)小于下调基因数(9032),根中的上调基因数(12347)大于下调基因数(11559).在黑果枸杞盐胁迫下转录组中发现28325个SSR位点,最多的为单核苷酸SSR,占70.47%.综合分析表明,黑果枸杞对盐胁迫的反应是一个多基因参与、多个生物过程协同调控的过程,基因表达量的变化可能是基因调控的主要方式.
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转录组分析
转录因子
不同种源黑果枸杞抗盐性比较
黑果枸杞
NaCl
隶属函数
抗盐性
不同土壤水分下黑果枸杞生理特点分析
黑果枸杞
净光合速率
蒸腾速率
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方程拟合
内容分析
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文献信息
篇名
NaCl胁迫下黑果枸杞转录组测序分析
来源期刊
生物技术通报
学科
关键词
黑果枸杞
盐胁迫
转录组测序
功能注释
年,卷(期)
2020,(2)
所属期刊栏目
研究报告
研究方向
页码范围
100-109
页数
10页
分类号
字数
语种
中文
DOI
10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2019-0492
五维指标
作者信息
序号
姓名
单位
发文数
被引次数
H指数
G指数
1
马瑞
甘肃农业大学林学院
45
238
8.0
14.0
2
马彦军
甘肃农业大学林学院
62
506
13.0
20.0
3
单立山
甘肃农业大学林学院
57
533
11.0
21.0
4
魏佳
甘肃农业大学林学院
5
2
1.0
1.0
5
段慧荣
中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所
2
1
1.0
1.0
6
Richard John Tiika
甘肃农业大学林学院
2
0
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传播情况
被引次数趋势
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引文网络
引文网络
二级参考文献
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共引文献
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参考文献
(37)
节点文献
引证文献
(0)
同被引文献
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二级引证文献
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二级参考文献(1)
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盐胁迫
转录组测序
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研究来源
研究分支
研究去脉
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相关学者/机构
期刊影响力
生物技术通报
主办单位:
中国农业科学院农业信息研究所
出版周期:
月刊
ISSN:
1002-5464
CN:
11-2396/Q
开本:
大16开
出版地:
北京海淀区中关村南大街12号
邮发代号:
18-92
创刊时间:
1985
语种:
chi
出版文献量(篇)
7180
总下载数(次)
42
总被引数(次)
53964
相关基金
中国博士后科学基金
英文译名:
China Postdoctoral Science Foundation
官方网址:
http://www.chinapostdoctor.org.cn/index.asp
项目类型:
学科类型:
期刊文献
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生物技术通报2000
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生物技术通报1998
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生物技术通报2020年第7期
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生物技术通报2020年第5期
生物技术通报2020年第4期
生物技术通报2020年第3期
生物技术通报2020年第2期
生物技术通报2020年第12期
生物技术通报2020年第11期
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生物技术通报2020年第1期
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