中国美利奴羊胚胎骨骼肌发育的加权基因共表达网络分析

• 作者: 侯浩宾 尚明玉 张莉 王欣悦 石田培 赵志达
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: lncRNA-miRNA-mRNA 共表达 WGCNA 中国美利奴羊 骨骼肌发育
• 年，卷（期）: 2020,（3）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 452-464
• 页数: 13页
• 分类号: S826.2
• 字数: 6939字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2020.03.006

摘要

旨在对绵羊胚胎骨骼肌lncRNAs (long non-coding RNA)进行鉴定分析,以阐明其在肌纤维类型转换与肌纤维增粗过程中的调控机制.本研究选取体重相近的成年中国美利奴母羊进行同期发情和人工授精,通过全转录组测序技术对其妊娠第85 (D85N)、105 (D105N)和135天(D135N)的胎儿背最长肌组织进行测序,设置D85Nvs D105N、D105N vs D135N和D85N vs D135N 3个比较组,通过比较筛选出显著差异表达的lncRNA与mRNA.利用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)方法构建共表达模块,使用DAVID在线工具和R-package进行GO和KEGG富集分析以找到与肌肉发育相关的模块.最后从目标模块中筛选出高连通度的lncRNAs和mRNAs,通过它们与miRNAs间的靶向预测关系建立lncRNA-miRNA-mRNA共表达网络.根据WGCNA分析结果,共得到25个模块.功能富集显示,模块中的核心基因主要富集于细胞粘附、Wnt、紧密连接、mTOR、AMPK及ECM-受体相互作用等肌肉发育相关的信号通路,选出模块中连通度高的lncR-NAs和mRNAs构建子网络,得到TNNI2、PIP5K1A、PDK4等关键相关基因,预测出MSTRG.3903、MSTRG.10154、MSTRG.1629、MST RG.10496、MSTRG.9559、MSTRG.10178、MSTRG.10521、MSTRG.3911、MSTRG.4586、MSTRG.7232等10个与肌肉发育、肌肉疾病、细胞增殖相关的lncRNAs.本研究成功构建了肌纤维发育相关的lncRNA-miRNA-mRNA共表达网络,找到多个与妊娠后期胚胎骨骼肌发育相关的潜在候选基因,为深入研究lncRNA在中国美利奴羊胚胎发育过程中骨骼肌的发育调控机制奠定了基础,也为其他家畜骨骼肌发育机制的研究提供了参考和方向.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张莉	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	190	1101	14.0	26.0
2	石田培	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	7	6	1.0	2.0
3	王欣悦	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	7	1	1.0	1.0
4	侯浩宾	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	4	5	1.0	2.0
5	赵志达	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	6	2	1.0	1.0
6	尚明玉	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	6	1	1.0	1.0