基于比较基因组学方法的世界范围的犬布鲁氏菌系统发育群研究

• 作者: 乐敏 姜吉喆 潘航 章乐
• 来源期刊: 中国生物工程杂志
• 学科: 工学
• 关键词: 犬布鲁氏菌 SNP 比较基因组学 系统发育群(PG) 分支长度优化算法
• 年，卷（期）: 2020,（3）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 38-47
• 页数: 10页
• 分类号: TP3-05
• 语种: 中文
• DOI: 10.13523/j.cb.1907053

摘要

犬布鲁氏菌病是一种世界范围内导致家畜流产和人波状热的人畜共患病,最近随着相关宿主动物如犬类饲养数量的增多,家庭儿童的感染案例报道屡见不鲜,所以研究犬布鲁氏菌具有重要公共卫生意义.使用了全球的91个菌株,利用贝叶斯方法对菌株分群,基于core-SNPs和分子钟模型构建进化树进行种群结构和时空分布分析,使用COG功能聚类进行功能差异研究.发现的4个系统发育群(PG)与它们的地理来源显著相关,PG1～3中,存在亚洲到非洲及欧美间的传播;PG4定殖于北美,且耐药基因逐渐缺失.功能基因在4个PG中的存在/缺失谱不同,PG3功能最完整,其他PG各具独特的功能基因缺失,特别是PG2大多缺失ABC型转运系统组分.掌握犬布鲁氏菌在全球的分布和传播,理解其基因组变异有助于开发新的诊断和疫苗靶点,以对抗由犬布鲁氏菌引起的人类流行病.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	乐敏	浙江大学动物科学学院动物预防医学研究所浙江省动物预防医学重点实验室	15	81	5.0	8.0
2	潘航	浙江大学动物科学学院动物预防医学研究所浙江省动物预防医学重点实验室	3	9	1.0	3.0