基于IPA探析COPB2基因对人骨肉瘤细胞的分子调控机制

• 作者: 崔云鹏 施学东 林云飞 潘元星 王冰 米川
• 来源期刊: 肿瘤防治研究
• 学科: 医学
• 关键词: 外被体包被蛋白复合体β2亚基 骨肉瘤 生物信息学
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 251-255
• 页数: 5页
• 分类号: R738.1
• 字数: 3485字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3971/j.issn.1000-8578.2020.19.1084

摘要

目的 基于IPA(ingenuity?pathway?analysis)的生物信息学分析,探析COPB2对人骨肉瘤细胞的分子调控机制.方法?RT-qPCR检测COPB2在人骨肉瘤细胞系U-2OS、MG-63、HOS和Saos-2中的表达水平.以U-2OS为研究对象,分为沉默组(KD)和对照组(NC).绿色荧光蛋白标记的慢病毒感染U-2OS细胞,沉默组含COPB2沉默序列.人基因表达谱芯片检测COPB2沉默后U-2OS细胞基因表达谱变化差异,将检测信息输入IPA软件进行生物信息学分析,包括经典通路、上游调控、疾病功能、调控效应和互作网络等分析.结果?COPB2在四种人骨肉瘤细胞系中表达丰度均高.人基因表达谱芯片显示,KD组与NC组相比,1?393个基因表达出现显著差异,其中上调基因数831个、下调基因数562个.IPA经典通路分析显示COPB2敲除后,TSP1抑制血管形成通路、急性期反应通路被显著激活,细胞周期蛋白和细胞周期调控通路显著抑制.疾病功能和互作网路分析显示COPB2在骨肉瘤中发挥重要作用,主要影响细胞瘤变、肿瘤细胞侵袭和失巢凋亡等功能.结论?COPB2在人骨肉瘤细胞系中高表达,可能通过细胞周期蛋白和细胞周期调控通路参与骨肉瘤的发生发展.COPB2与骨肉瘤细胞瘤变、侵袭力和失巢凋亡相关.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	施学东	北京大学第一医院骨科	33	217	8.0	13.0
2	米川	北京大学第一医院骨科	26	187	7.0	12.0
3	王冰	北京大学第一医院骨科	36	190	8.0	12.0
4	潘元星	北京大学第一医院骨科	8	11	2.0	3.0
5	崔云鹏	北京大学第一医院骨科	17	40	4.0	5.0
6	林云飞	北京大学第一医院骨科	8	10	2.0	2.0