彩色马蹄莲转录组测序及其特性分析

• 作者: 周琳 张永春 杨柳燕 蔡友铭
• 来源期刊: 上海农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 彩色马蹄莲 基因注释 功能分类 密码子使用偏好性
• 年，卷（期）: 2020,（3）
• 所属期刊栏目: 遗传育种·分子遗传学
• 页码范围: 1-8
• 页数: 8页
• 分类号: S682.2
• 字数: 5373字
• 语种: 中文
• DOI: 10.15955/j.issn1000-3924.2020.03.01

摘要

为开展彩色马蹄莲基因功能分析、表型差异研究、分子标记开发和遗传多样性研究,通过Illumina HiSeq 4000高通量测序平台对2个彩色马蹄莲育成品种'金丝绒'和'梦幻'进行转录组测序分析,经de novo组装后获得76 060条unigene,进一步利用4个公共数据库(Nr、Swiss-Prot、KOG和KEGG)对其进行注释,注释了30 321条unigene;并基于转录组数据开展SSR位点预测和密码子使用偏好性分析.结果 表明:有10 083个unigene参与了132条KEGG代谢通路,其中代谢途径和次生代谢产物的生物合成途径是unigene最为富集的2个途径;9 721条unigene序列中共含有13 206个SSR位点;预测到1 115个转录因子,分属于54个家族.此外,彩色马蹄莲密码子使用偏好性较弱,高频密码子为AGG、CAG和AAG.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张永春	上海市农业科学院林木果树研究所上海市设施园艺技术重点实验室	46	408	11.0	19.0
2	杨柳燕	上海市农业科学院林木果树研究所上海市设施园艺技术重点实验室	31	42	4.0	5.0
3	蔡友铭	上海市农业科学院林木果树研究所上海市设施园艺技术重点实验室	16	11	2.0	3.0
4	周琳	上海市农业科学院林木果树研究所上海市设施园艺技术重点实验室	9	11	1.0	3.0