基于VAE的编码DNA载体阻断事件聚类分析与研究

• 作者: 周家乐 魏梓轩
• 来源期刊: 华东理工大学学报（自然科学版）
• 学科: 医学
• 关键词: 变分自编码器 聚类 深度嵌入 纳米孔道数据分析 编码DNA载体
• 年，卷（期）: 2020,（3）
• 所属期刊栏目: 信息科学与工程
• 页码范围: 411-418
• 页数: 8页
• 分类号: R857.3
• 字数: 5172字
• 语种: 中文
• DOI: 10.14135/j.cnki.1006-3080.20190424001

摘要

纳米孔道检测技术是单分子检测领域一个重要的研究方向.对纳米孔道阻断电流信号进行特征提取和转换,是对阻断事件进行分类以确定分析物种类的关键.由于有监督学习只能对已知种类的阻断事件进行预测,难以实现对信号本质特征的区分,因此本文基于编码DNA载体的阻断事件,利用卷积神经网络的特征提取特性,提出了一种应用于纳米孔道信号的无监督聚类方法.结合深度嵌入聚类和变分自编码器(Variational Autoencoder,VAE),实现了对阻断事件的特征转换和聚类的整体性训练.实验结果表明,该聚类方法能对编码DNA载体阻断事件提供较好的聚类结果,与其他聚类算法相比,最高提升了29％的聚类精度,具有更高的聚类准确度.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	周家乐	华东理工大学信息科学与工程学院	4	0	0.0	0.0
2	魏梓轩	华东理工大学信息科学与工程学院	2	0	0.0	0.0