33种鱼类微型反向重复转座元件鉴定

• 作者: 彭作刚 胡竞文 赵连鹏 邵峰 韩民锦
• 来源期刊: 水生生物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 微型反向重复转座元件(MITEs) 鱼类 插入时间 分布位置
• 年，卷（期）: 2020,（1）
• 页码范围: 1-9
• 页数: 9页
• 分类号: Q344+.1
• 字数: 6473字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7541/2020.001

摘要

微型反向重复转座元件(MITEs)是一类短的非自主DNA转座子,其分布的位置会对宿主产生影响.文章使用生物信息学的方法对无颌类、软骨鱼纲、肉鳍鱼纲和辐鳍鱼纲鱼类基因组进行了MITEs预测,最终在33种鱼类基因组中鉴定出243 3个MITEs家族.文章发现鱼类基因组中MITEs含量存在较大差异(0.11％-21.18％),并且MITEs含量与鱼类基因组大小呈正相关关系.根据末端重复序列(TIRs)和靶位点重复序列(TSDs)的特征将MITEs分为10个超家族,其中TC1-Mariner超家族的含量最高.MITEs在鱼类基因组中的插入事件主要发生在4百万年前至今,大多数物种的MITEs在2百万-0.5百万年前发生了爆发式扩增.鱼类基因组中的MITEs多数插入到基因内部或附近,这些转座子可能在基因的表达调控方面存在重要作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	彭作刚	西南大学生命科学学院淡水鱼类资源与生殖发育教育部重点实验室	7	16	3.0	4.0
2	韩民锦	西南大学家蚕基因组生物学国家重点实验室	5	14	2.0	3.0
3	胡竞文	西南大学生命科学学院淡水鱼类资源与生殖发育教育部重点实验室	2	0	0.0	0.0
4	邵峰	西南大学生命科学学院淡水鱼类资源与生殖发育教育部重点实验室	2	0	0.0	0.0
5	赵连鹏	西南大学生命科学学院淡水鱼类资源与生殖发育教育部重点实验室	2	0	0.0	0.0