强直性脊柱炎差异表达基因的生物信息学分析

• 作者: 李昊 杨劲松 袁爽爽 覃泓禹
• 来源期刊: 蛇志
• 学科: 医学
• 关键词: 强直性脊柱炎 差异表达基因 生物信息学
• 年，卷（期）: 2020,（1）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 44-47
• 页数: 4页
• 分类号: R318.04|R593.23
• 字数: 2378字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1001-5639.2020.01.013

摘要

目的 探讨强直性脊柱炎(AS)患者差异表达基因,并基于差异基因探讨强直性脊柱炎发病相关的可能生物学过程和信号通路.方法 检索基因表达谱数据库(GEO)并筛选AS相关基因表达谱数据集.应用GEO在线分析功能GEO2R分析AS组和正常对照组的差异表达基因,用Cytoscape软件clueGO插件进行基因本体论和京都基因与基因组百科全书分析,采用String蛋白-蛋白相互作用(PPI)数据库分析差异表达基因编码蛋白间的相互作用;应用Cytoscape绘制蛋白相互作用网络图,并软件筛选信号通路关键基因分析. 结果 选取AS患者全血表达数据集GSE25101为研究对象,分析获得差异表达基因72个.72个差异表达基因分子功能主要为参与高迁移率族盒染色体蛋白1(HMGB1)转导机制;生物学过程主要富集于巨噬细胞迁移、骨髓细胞凋亡过程、线粒体呼吸链复合体装配、ATP合成偶联电子传输、线粒体ATP合成耦合电子输运等;细胞成分主要富集于呼吸链复合体、线粒体呼吸体等.信号通路富集于氧化磷酸化信号通路和帕金森综合征相关信号通路.PPI网络经过cytohubba插件筛选,ATP5J、NDUFS4、UQCRB、UQCRH、NDUFB3、COXTB、LSM3、ATP5EP2、ENY2、PSMA4被筛选为网络中的核心基因. 结论 通过生物信息学方法进行预测了AS的潜在机制,并筛选出10个潜在的与AS相关的重要分子,其中氧化磷酸化可能在AS发病机制中发挥了重要的作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李昊		22	82	5.0	8.0
2	杨劲松		9	30	3.0	5.0
3	袁爽爽		1	0	0.0	0.0
4	覃泓禹		1	0	0.0	0.0