苹果miR396家族鉴定及在不定根发育过程中的表达分析

• 作者: 刘桢 卢显 孟媛 张东 李少欢 李珂 毛江萍 汪蕙 韦燕红 马娟娟 马豆豆
• 来源期刊: 园艺学报
• 学科: 农学
• 关键词: 苹果 miR396 不定根发育 生物信息学分析 基因表达
• 年，卷（期）: 2020,（7）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1237-1252
• 页数: 16页
• 分类号: S661.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2019-0761

摘要

分析了苹果miR396家族进化特性及其在苹果不定根发育过程中的表达模式.结果 表明:苹果miR396家族有4条成熟体和7条前体序列(pre-miRNA).Mfold预测显示Pre-miR396家族7个成员序列均可形成典型稳定的茎环二级结构,最小折叠自由能介于-62.9 kal·mol-1 (pre-miR396b)～-51.9kal· mol-1 (pre-miR396g)之间.系统发育进化树分析显示,pre-miR396家族亲缘关系可分为3个亚组(G1、G2、G3),每个亚组内基因数量不同,分别含有11、9、19个.靶基因预测显示,苹果miR396靶基因包括MdGRF1、MdGRF2和MdGRF5等,降解组测序进一步验证了miR396对其候选靶基因Md RF1、MdGRF和MdGRF5的剪切关系.苹果miR396家族成员在侧根和果实中的表达量显著高于其他组织,其候选靶基因表达量则在花芽和腋芽中显著高于其他组织;不定根发育过程中,miR396家族不同成员表达模式存在显著差异,整体上呈上调表达趋势,其候选靶基因呈下调表达趋势;外源IBA处理显著诱导miR396家族成员的表达,尤其是在不定根诱导期和根系生长期更为显著.