检测GⅠ和GⅡ族人源诺如病毒双重PT-qPCP的优化设计

• 作者: 刘丹蕾 吴清平 张子蕾 徐婷 王大鹏 田鹏 耿浩然
• 来源期刊: 工程（英文）
• 关键词: 人源诺如病毒 RT-qPCR 优化设计 引物 探针 检测
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: Food Safety and Health—Article
• 页码范围: 442-448,498-506
• 页数: 16页
• 字数: 6550字
• 语种: 英文

摘要

人源诺如病毒(human norovirus,HuNoV)是重要的食源性病毒之一,能够引起全世界范围人类的非细菌性急性胃肠炎.由于HuNoV的体外培养体系尚不成熟,无法用于常规的病毒分离和检测,因此目前对HuNoV的检测依赖于分子方法,如逆转录聚合酶链反应(reverse transcription poly-merase chain reaction,RT-PCR)和逆转录实时定量聚合酶链反应(reverse transcription quantitative real-time polymerase chain reaction,RT-qPCR).21世纪初期设计的引物和探针依然被广泛地用于RT-qPCR检测体系.HuNoV基因组具有变异度高的特点,导致设计的引物和(或)探针无法有效地与已进化的新病毒核酸进行匹配,从而随着时间的推移效率降低.为了提高HuNoV检出效率,本研究基于2010年后GenBank公布的病毒序列,分析设计了一套HuNoV检测引物和探针,并优化了一种新的双重RT-qPCR(new duplex RT-qPCR,ND-RT-qPCR)检测体系.以体外转录获得的长链病毒RNA为模板,ND-RT-qPCR可对低至一个基因组的GI和GII族HuNoV进行有效检测.以23份HuNoV临床样本为对象,评估了ND-RT-qPCR和常用RT-qPCR(Kageyama RT-qPCR)的检测性能.结果显示:ND-RT-qPCR检出所有GI族样本(5/5),而Kageyama RT-qPCR只检出两个样本(2/5).ND-RT-qPCR检出18个GII族样本(18/18),而Kageyama RT-qPCR漏检1个样本.另外,ND-RT-qPCR的灵敏度显著高于Kageyama RT-qPCR(前者Cq值低于后者Cq值).因此,ND-RT-qPCR有助于提高HuNoV检出率,是目前该病毒检测良好的选择.