基于多个线粒体序列的中韩俄沿海不同地理群体刺参的遗传多样性及种群结构分析

• 作者: 廖梅杰 张正 李彬 王印庚 王锦锦 荣小军 葛建龙
• 来源期刊: 渔业科学进展
• 学科: 农学
• 关键词: 刺参 16S rDNA CO Ⅰ D-loop 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2020,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 75-85
• 页数: 11页
• 分类号: S966.9
• 字数: 6241字
• 语种: 中文
• DOI: 10.19663/j.issn2095-9869.20181111001

摘要

为评价不同海域不同体色特征刺参群体的遗传结构,本研究采用PCR技术扩增了中国、韩国和俄罗斯沿海8个刺参(Apostichopus japonicus)群体的16S rDNA、CO Ⅰ和D-loop序列.根据所获得的16S rDNA、CO Ⅰ和D-loop序列分析这8个群体的遗传多样性和遗传进化关系.结果 显示,16S rDNA、CO Ⅰ和D-loop序列长度分别为543 bp、656 bp和509～527 bp.16S rDNA序列中共检测到16个多态位点,16种单倍型,单倍型多样性指数为0.629,核苷酸多样性指数为0.0016,平均核苷酸差异数0.880.CO Ⅰ序列共检测到62个多态位点,38种单倍型,单倍型多样性指数为0.958,核苷酸多样性指数为0.0073,平均核苷酸差异数为4.796.D-loop序列共检测到200个多态位点,61种单倍型,单倍型多样性指数为0.922,核苷酸多样性指数为0.0157,平均核苷酸差异数为6.834.3个线粒体片段对于不同群体的遗传多样性检测结果显示,D-loop和CO Ⅰ序列的多态位点数、单倍型数和核苷酸多样性均显著高于16S rDNA序列,更适用于同一物种不同群体遗传结构的解析.韩国浦项地区3个群体遗传多样性最高,这可能与其所处地理位置洋流影响有关.利用CO Ⅰ基因对采自浦项的3种体色刺参进行遗传分化分析,遗传分化系数Fst＜0.05,不存在遗传分化.对所采集的群体构建的系统进化树结果显示,青岛海参群体与烟台海参群体聚为一支,再与韩国群山黑参群体聚为一支,然后与韩国木浦黑参群体聚在一起,向外依次为俄罗斯群体及韩国浦项的3个群体,不同种群的遗传结构受洋流影响最大,其次跟其地理分布有关.