RFX5调控原钙粘蛋白α基因簇的表达

• 作者: 吴强 王娜 甲芝莲
• 来源期刊: 遗传
• 关键词: RFX5 Pcdh CTCF cohesin CRISPR/Cas9
• 年，卷（期）: 2020,（8）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 760-774
• 页数: 15页
• 字数: 10139字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16288/j.yczz.20-184

摘要

基因的表达调控与基因组在细胞核内的三维空间架构相辅相成,原钙粘蛋白(protocadherin,Pcdh)基因簇在大脑发育中起到关键作用,可以作为研究基因表达调控机制的模式基因.转录因子RFX5(regulatory factor x 5)是翼螺旋家族(winged HLH family)的成员,其蛋白由寡聚化结构域、DNA结合域、螺旋结构域和激活域组成,在调控免疫系统的主要组织相容性复合物II类(major histocompatibility complex class II,MHC II)的表达中起着至关重要的作用.本研究发现RFX5与CTCF在全基因组上结合的位点有部分重叠,利用CRISPR/Cas9 DNA大片段编辑技术,构建了RFX5基因缺失的HEC-1-B细胞系.通过RNA-seq实验,发现RFX5敲除能够显著升高Pcdhα6、Pcdhα12、Pcdhαc2的表达水平.通过ChIP-nexus实验,发现敲除RFX5导致染色质架构蛋白CTCF和cohesin在原钙粘蛋白 α 基因簇处的结合增加.最后,染色质构象捕获QHR-4C实验发现Pcdhα6、Pcdhα12启动子与远端增强子HS5-1的染色质远距离相互作用增强.上述研究表明RFX5蛋白可能通过调控染色质高级结构影响原钙粘蛋白α基因簇的表达,为未来进一步探索RFX5的功能提供了参考.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	吴强	上海交通大学系统生物医学研究院比较生物医学研究中心系统生物医学教育部重点实验室	138	590	11.0	15.0
2	王娜	上海交通大学系统生物医学研究院比较生物医学研究中心系统生物医学教育部重点实验室	20	124	6.0	10.0
3	甲芝莲	上海交通大学系统生物医学研究院比较生物医学研究中心系统生物医学教育部重点实验室	3	7	2.0	2.0