贵州地方鸡IL8RB基因多态性及其对肉品质的影响

• 作者: 向程举 吴磊 张依裕 李杰章 杨远清 蒋会梅 覃媛钰 谭光辉
• 来源期刊: 《福建农林大学学报（自然科学版）》
• 关键词: IL8RB基因 长顺绿壳蛋鸡 黔画乌鸡 威宁鸡 单核苷酸多态性 生物信息学
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 动物科学
• 页码范围: 512-518
• 页数: 7页
• 分类号: S831.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.13323/j.cnki.j.fafu(nat.sci.).2020.04.013

摘要

为了挖掘IL8RB基因的单核苷酸多态性(SNP)位点,以长顺绿壳蛋鸡、黔画乌鸡和威宁鸡为材料,采用PCR产物直接测序法对IL8RB基因进行SNP筛查,对突变前后序列进行生物信息学分析.结果表明:在3个鸡群体IL8RB基因中共检测到2个错义突变位点,g.22589443 C>T突变共产生3种基因型,为中度多态,引起亮氨酸变成丝氨酸;g.22589512 C>T突变共产生2种基因型,为低度多态,引起苏氨酸变成甲硫氨酸.卡方(χ2)检测结果表明:g.22589443 C>T位点在长顺绿壳蛋鸡群体的基因型分布极显著偏离了Hardy-Weinberg平衡(P<0.01),在黔画乌鸡和威宁鸡群体基因型分布显著偏离了Har-dy-Weinberg平衡(P<0.05);g.22589512 C>T突变位点在3个鸡群体基因型分布未偏离Hardy-Weinberg平衡(P>0.05).连锁不平衡分析结果显示:3个鸡群体IL8RB基因2个SNP位点间不存在强连锁不平衡;2个SNP位点联合共产生3种单倍型和4种双倍型,单倍型H1和双倍型H1 H1出现的频率最高,单倍型H3和双倍型H2 H2出现的频率最低.生物信息学分析表明:3种单倍型自由能为:TC>CC>CT,稳定性为:CT>CC>TC;2个SNP位点引起氨基酸变化但未引起蛋白质二级结构和三级结构变化.IL8RB基因变异与黔画乌鸡肉品质关联性分析发现,双倍型H1H1个体的肉色指标显著高于H1H3个体(P<0.05),其他各SNP位点及双倍型在各指标之间的差异未达到显著水平(P>0.05).所检测到的这2个SNP位点或许可作为改善鸡肉品质遗传标记,为今后深入研究提供数据参考和理论支持.