高粱OFP转录因子家族生物信息学及盐胁迫下的表达分析

• 作者: 崔江慧 常金华 杨溥原 梁永波 梁红凯 殷丛培 陈辉龙
• 来源期刊: 河北农业大学学报
• 关键词: 高粱 OFP 基因家族 共线性 盐胁迫
• 年，卷（期）: 2020,（3）
• 页码范围: 1-8
• 页数: 8页
• 分类号: S514
• 语种: 中文
• DOI: 10.13320/j.cnki.jauh.2020.0044

摘要

为了解OFP(Ovate family proteins)基因家族在高粱基因组中的特征,本研究利用生物信息学方法对高粱OFP基因家族进行了家族成员鉴定,进化关系分析,基因定位,保守motif分析,基因结构、功能启动子元件、基因共线性以及盐胁迫条件下的表达特征进行了分析.结果 表明:高粱中鉴定得到37个OFP基因,编码139～543个氨基酸,分子量大小在15.379 88～60.055 64 kD之间,等电点为4.49～11.62,均为亲水蛋白;通过系统发育分析发现,该家族基因可分为三大类,分别包含高粱OFP家族13、8、16个基因;该家族成员在高粱10条染色体上呈不均匀分布,其中3号染色体上分布最多,含有10个SbOFP基因;该家族蛋白保守结构域基本由Motif1和Motif2组成,有13个基因同时具有干旱诱导响应元件(MBS)、脱落酸响应元件(ABRE)和茉莉酸甲酯响应元件(CGTCA-motif和TGACG-motif);高粱内部有20对共线性基因,与水稻、谷子和玉米共线性基因个数分别为27、27、32.胁迫发现SORBI_3005G042800、SORBI_ 3003G227000、SORBI_ 3003G010700和SORBI_3006G187600共4个基因的表达与盐胁迫关系密切.本研究结果将有助于了解高粱OFP基因家族,为高粱OFP基因家族成员的深入研究奠定理论基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	常金华	河北农业大学农学院	44	545	14.0	22.0
2	崔江慧	河北农业大学农学院	38	291	10.0	15.0
3	梁红凯	河北农业大学农学院	1	0	0.0	0.0
4	陈辉龙	华北理工大学生命科学学院	1	0	0.0	0.0
5	杨溥原	河北农业大学农学院	2	0	0.0	0.0
6	殷丛培	河北农业大学农学院	1	0	0.0	0.0
7	梁永波	河北农业大学农学院	1	0	0.0	0.0