鳜pep和gh基因SNP标记与驯食性状的关联分析

• 作者: 何珊 史登勇 梁旭方 石林杰 窦亚琪 高俊杰
• 来源期刊: 中国水产科学
• 学科: 农学
• 关键词: 翘嘴鳜 驯食性状 单核苷酸多态性(SNP) 关联分析
• 年，卷（期）: 2020,（5）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 485-493
• 页数: 9页
• 分类号: S963
• 字数: 6046字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1118.2020.19133

摘要

以鳜(Siniperca chuatsi)选育群体为实验材料,在易驯食与不易驯食鳜转录组Unigene数据库中共预测到4809个SNP位点,其中胃蛋白酶基因(pepsinoge,pep)和生长激素基因(growth hormone,gh)均为转录组筛选获得的鳜驯食性状候选基因,本研究将候选基因上的多态SNP位点在易驯食和不易驯食鳜群体中进行基因分型,并与鳜驯食性状进行关联分析.在易驯食与不易驯食的鳜群体中共发现5个单核苷酸(SNP)多态性位点,有效等位基因(Ne)在1.1959～1.7001,观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别分布于0.1800～0.3585和0.1655～0.4160,多态信息含量(PIC)为0.2477,全部位点都属于中度多态性位点.结果表明SNP位点pep-A T/C中2种基因型TT和CT与鳜驯食性状呈高水平显著相关(P<0.05),组合得到的3种基因型Genotype1(CT,CC/CT/TT,AA,AA,TT)、Genotype2(TT,CC/CT/TT,AA,AA,TT)和Genotype3(TT,CC,AA,AA,TT)也与鳜驯食性状呈高水平显著相关(P<0.05),显著影响鳜驯食性状表型,其中Genotype2相关性最高,可作为最优基因型个体进行选育.本研究在鳜pep和gh基因中鉴定出与驯食性状呈显著关联的SNP分子标记,为加快易驯食鳜新品种的基因辅助选育提供有效的SNP分子标记.