3株猪博卡病毒的全基因遗传进化及重组分析

• 作者: 刘金凤 吴健敏 王浩 白安斌 秦树英 莫模双 覃绍敏 陈凤莲 马玲
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 猪博卡病毒 全基因组 遗传进化分析 基因重组分析
• 年，卷（期）: 2020,（6）
• 所属期刊栏目: 优秀青年学者论坛
• 页码范围: 1247-1255
• 页数: 9页
• 分类号: S852.659.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-1191.2020.06.001

摘要

[目的]了解猪博卡病毒(Porcine bocavirus,PBoV)在广西猪群中的流行状况及遗传学特征,为有效防控PBoV感染提供科学依据.[方法]采用PCR对采自广西境内养殖场的388份猪源样品进行PBoV检测,挑选3份阳性样品(1份为PBoVG1阳性样品,2份为PBoVG3阳性样品)进行全基因扩增,测序获得的序列使用LaserGene进行处理及多重比对分析,应用MEGA 5.2中的ClustalW进行遗传进化分析,通过邻接法(NJ)构建系统发育进化树,并以SimPlot 3.5.1进行潜在基因重组事件分析.[结果]猪内脏组织(肺脏、脾脏和淋巴结的混合样品)、扁桃体、脑组织和公猪精液的PBoV阳性率分别为25.19％、8.33％、2.94％和1.54％.在所有检测样品中,PBoVG3基因群的阳性率最高,为9.02％,PBoVG2和PBoVG1基因群的阳性率均为1.55％;不同基因群的PBoV存在混合感染现象,其中,PBoVG1+PBoVG3二重感染率为1.03％,PBoVG2+PBoVG3二重感染率为0.77％.从PBoV阳性样品中扩增获得3条PBoV全基因序列(毒株),命名为GXBH2014、GXBH2015和GXLC2014,对应的GenBanK登录号为MN747332、MN747333和MN747339.其中,GXBH2014株序列全长5055 bp,GXBH2015株序列全长5070 bp,GXLC2014株序列全长4313 bp.GXBH2014株和GXBH2015株与PBoVG3基因群参考毒株SH20F各编码基因的推导氨基酸序列同源性较高,为70.9％～98.5％;GXLC2014株与PBoVG1基因群参考毒株SX各编码基因的推导氨基酸序列同源性最高,为98.0％～99.1％.基于PBoV全基因编码区(CDS)全长序列构建的系统发育进化树也显示,GXBH2014株和GXBH2015株同处于PBoVG3基因群分支上,GXLC2014株处于PBoVG1基因群分支上.基因重组分析结果显示,在GXBH2014株的全基因序列中检测到1个潜在的重组断点,位于NP1基因的第391位核苷酸;而在GXBH2015株和GXLC2014株的全基因序列中均未检测到潜在的重组断点.[结论]广西猪群中普遍存在PBoV感染,且PBoVG1、PBoVG2和PBoVG3基因群毒株同时存在.其中,GXBH2014株可能是IA159-2株(KF025386)与MN154-1株(KF025384)基因重组进化的产物.