椰子ZF-HD基因家族的鉴定及生物信息学分析

• 作者: 刘蕊 孙熹微 弓淑芳 纠凤凤 肖勇 范海阔
• 来源期刊: 热带作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: ZF-HD基因家族 椰子 生物信息学
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 生物技术与组织培养
• 页码范围: 284-291
• 页数: 8页
• 分类号: S667.4|Q786
• 字数: 4901字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2020.02.011

摘要

ZF-HD蛋白是一类只存在于植物体内且含有锌指结构域的转录因子家族,其不仅能够调节植物的生长发育,且在植物响应逆境过程中也起着重要的作用.本研究通过比对已开发的椰子基因组数据,共鉴定出20个椰子ZF-HD蛋白.采用生物信息学的方法,对其基因结构、蛋白理化性质、蛋白质保守结构域、超二级结构、系统进化树及表达谱进行分析.结果 显示:椰子ZF-HD蛋白多为碱性蛋白,且主要定位于细胞核、叶绿体及线粒体中.椰子ZF-HD基因家族可分为6个亚族,每个亚家族都具有相似的结构域和超二级结构.motif搜索分析显示,CoMIF亚族只含有锌指结构域保守序列,其他亚族均含有锌指结构域序列与同源异形盒结构域序列.表达谱分析显示,CoZHD18、CoZHD20在测序的各组织中表达较少,其他家族成员在各组织中的表达量具有差异性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孙熹微	海南大学热带作物学院	1	1	1.0	1.0