猪Delta冠状病毒的流行病学调查及M基因序列分析

• 作者: 刘惠莉 刘雷 李本强 程靖华 陶洁 马玉飞
• 来源期刊: 上海农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 猪Delta冠状病毒 M基因 RT-PCR 进化分析
• 年，卷（期）: 2020,（1）
• 所属期刊栏目: 畜牧·兽医
• 页码范围: 71-76
• 页数: 6页
• 分类号: S852.651
• 字数: 3463字
• 语种: 中文
• DOI: 10.15955/j.issn1000-3924.2020.01.12

摘要

为了解猪Delta冠状病毒(Porcine deltacoronavirus,PDCoV)在发生腹泻疫情猪群中的感染情况,根据PDCoVM基因的保守序列设计了一对检测引物,建立了猪Delta冠状病毒的的检测方法,其最低核酸检测限量为3.92×103 copies/μL,特异性和灵敏度均较好.利用该方法对2015-2017年上海周边猪场的518份猪腹泻粪便样品进行检测,检测出25份PDCoV阳性样品,阳性感染率达4.8％.在所检出的阳性样本中,PDCoV与猪嵴病毒(Porcine kobuvirus,PKV)和猪星状病毒(Porcine astrovirus,PAstV)的混合感染率较高,分别为40％和48％;PDCoV与猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)混合感染率为8.0％,未检测到PDCoV与猪传染性胃肠炎病毒(Transmissible gastroenteritis virus,TEGV)昆合感染的样本.随机选取10份PDCoV阳性样本,对扩增的M基因片段同源性进行分析,结果发现,10份样品中核苷酸同源性达95.0％-99.6％,与GenBank登录的PDCoV毒株的同源性为96.1％-100％,说明目前流行的PDCoV毒株的遗传差异不大,该研究可为了解PDCoV流行情况提供参考依据.