基于TCGA胰腺癌数据集识别胰腺癌相关糖尿病特征基因

• 作者: 任章勇 张欣雪 曹迪 王新静 贺强 贾利猛 赵昕 郎韧
• 来源期刊: 中华胰腺病杂志
• 关键词: 胰腺肿瘤 糖尿病 胰腺癌相关糖尿病 癌症基因组图谱
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 271-277
• 页数: 7页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.cn115667-20190705-00055

摘要

目的 探讨胰腺癌相关糖尿病(PCDM)的基因特征,筛选潜在的分子标志物.方法 收集来自癌症基因组图谱(TCGA)-胰腺癌(PC)数据集的临床数据,根据PC确诊前2年内是否诊断糖尿病,将患者分为PCDM组(11例)和PC组(109例).提取TCGA-PC数据集mRNA的芯片表达谱数据,通过R软件“limma”程序包进行两组基因差异表达分析,以“|log2(fold change)|＞2且P＜0.05”为条件筛选差异基因(DEGs),并进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后通过STRING数据库构建蛋白相互作用(PPI)网络,通过Cytoscape软件MCODE模块筛选枢纽基因.结果 TCGA-PC数据集mRNA基因差异分析显示,20 531个基因中47个在PCDM组高表达,60个低表达.GO分析显示107个DEGs在生物学功能方面主要参与正向调节细胞分泌功能(基因数=9,P＜0.01),在分子功能方面主要集中于受体功能调节(基因数=10,P＜0.01),在细胞组分方面主要与细胞质微管腔内成分相关(基因数=8,P＜0.01).KEGG通路富集分析显示,107个DEGs可能通过细胞因子相互作用(基因数=8,P＜0.01)影响PCDM.PPI网络分析显示,GNG8、CNR2、GALR2、CXCL13、NPY2R可能是PCDM相关的枢纽基因.结论 PCDM与PC在细胞分泌功能、受体功能、细胞质微管成分及细胞因子相互作用方面存在基因差异.GNG8、CNR2、GALR2、CXCL13、NPY2R可能成为PCDM的潜在分子标志物.