基于二代测序的不同分化阶段晶状体转录组分析

• 作者: 傅秋黎 卢冰 吕丹旎 唐俏梅 宋帆 尹厚发 张丽芳 李嘉永 秦祯蔚 闫晨曦
• 来源期刊: 中华眼科杂志
• 关键词: 晶体 高通量核苷酸序列分析 RNA,信使 RNA,长链非编码 RNA,环状 基因表达谱
• 年，卷（期）: 2020,（5）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 356-363
• 页数: 8页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.cn112142-20190402-00194

摘要

目的 了解分化中晶状体的转录谱,包括mRNA、长链非编码RNA (IncRNA)和环状RNA (circRNA).方法 实验研究.提取人源性分化晶状体RNA并纯化.然后使用Illumina HiSeq 2500对16、23、25周晶状体总RNA样本进行测序,并使用生物信息学工具进行分析,筛选出最高表达和差异表达的mRNA和lncRNA;用维恩图分析3个时期晶状体的重叠基因表达情况;分析晶状体特异性基因的表达趋势,并用实时荧光定量PCR验证.结果 在16、23、25周晶状体中分别获得67 518 311、99440 160和67 262 320条映射序列.基因重叠表达分析显示,前1 000个高表达mRNA、前300个高表达IncRNA和前100个高表达circRNA中分别有740、170、69个在16、23、25周晶状体中同时表达.晶状体特异性基因表达分析显示,晶状体蛋白(CRY)AA、CRYGA、CRYGB、CRYGC、CRYGD、CRYGEP和CRYGS基因表达随晶状体分化时间上调,缝隙连接(GJ)蛋白GJA3和GJA8基因表达随晶状体分化时间下调.结论 晶状体转录组表达谱显示不同分化阶段晶状体的高表达mRNA、lncRNA和circRNA中重叠表达者占半数以上,且均高表达晶状体特异性蛋白基因,如CRY、GJ蛋白基因等.