番茄组蛋白乙酰转移酶(HAT)的全基因组鉴定与分析

• 作者: 史建磊 宰文珊 张海利 李涛 熊自立
• 来源期刊: 江苏农业学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 番茄 组蛋白乙酰转移酶 生物信息学
• 年，卷（期）: 2020,（3）
• 所属期刊栏目: 园艺
• 页码范围: 666-674
• 页数: 9页
• 分类号: Q786
• 字数: 5863字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-4440.2020.03.019

摘要

组蛋白乙酰化修饰在基因表达调控方面扮演着重要角色.为深入挖掘番茄组蛋白乙酰转移酶(HAT)基因,本研究运用生物信息学方法,共鉴定出26个番茄HAT.聚类分析发现,这些HAT可以分为7组,分别为HAG、HAG1、HAG2、MCC1、HAM、HAF和HAC.其中,GNAT家族(GCN5、HAT1、MCC1)18个、p300/CBP家族4个、MYST和TAFII250家族各1个.6对同源基因Ka/Ks值均小于1,说明其进化中经历了纯化选择.不同家族HAT理化性质存在差异,但均为亲水蛋白质,主要定位于细胞核,蛋白质二级结构主要包括α螺旋和无规则卷曲,具有典型的保守基序和特征结构域.染色体定位发现,番茄HAT基因不均匀地散布于12条染色体上,且呈两端分布,其中1号和9号染色体最多,部分基因经串联重复形成基因簇.基因表达分析发现,GNAT家族番茄特有的HAT和HAG2组基因在病菌、盐和热胁迫下具有较高的表达水平,一些基因具有病菌诱导特异性和耐盐(热)与盐(热)敏材料上表达差异性.可见,番茄HAT在结构、性质和功能上具有多样性,其在全基因组水平上的鉴定与分析为相关基因克隆利用提供了依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张海利		32	57	4.0	6.0
2	史建磊		19	71	4.0	8.0
3	宰文珊		19	59	3.0	7.0
4	李涛	广东省农业科学院蔬菜研究所	21	79	5.0	8.0
5	熊自立		17	25	3.0	4.0