药用资源植物山莨菪的转录组信息分析

• 作者: 夏铭泽 张发起 张雨
• 来源期刊: 植物研究
• 学科: 生物学
• 关键词: 山莨菪 转录组 高通量测序 基因注释
• 年，卷（期）: 2020,（3）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 458-467
• 页数: 10页
• 分类号: Q949.777.7
• 字数: 7963字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7525/j.issn.1673-5102.2020.03.018

摘要

为了增强对资源植物山莨菪的深入了解,本研究采用高通量测序技术对山莨菪进行转录组测序分析,经过处理得到71 463个Unigenes.通过与多个数据库进行比对,对基因进行分类和分析注释,最终成功获得注释的基因有47 624条.将Unigenes比对到KOG蛋白质库中,有13 110个基因被注释,共有26个子类;比对到NR库中后有39 621个Unigenes被注释;转录本与Swissprot、TrEMBL的比对结果得到GO功能注释信息,注释得到的29 309个Unigenes可被分为分子功能、生物学过程和细胞组分3个大类,62个子类;以KEGG数据库为参考,3 679条基因被注释,参与的代谢通路可归为4个大类,分别是代谢相关的通路、遗传信息处理、细胞过程、环境信息处理,其中与代谢相关的通路最多,约占所有代谢通路的一半.对山莨菪的药用活性成分的代谢通路及相关Uni-genes数量和类型的统计结果表明,与生物碱相关的代谢通路最多,萜类和苯丙素类所对应的Unigenes数量最多.另外,结果还检测到31 382个SNP位点,6种SSR重复类型,其中单碱基重复类型所占的比例最高,每百万碱基中出现的单碱基重复的SSR个数有56.52个,占45.30％.该结果丰富了山莨菪的转录组信息数据,为该物种分子生物学方面的研究奠定了基础,有助于进一步开展对山莨菪的合理保护及开发利用工作.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张发起	中国科学院高原生物适应与进化重点实验室中国科学院西北高原生物研究所	10	17	2.0	4.0
2	张雨	中国科学院高原生物适应与进化重点实验室中国科学院西北高原生物研究所	5	8	1.0	2.0
6	夏铭泽	中国科学院高原生物适应与进化重点实验室中国科学院西北高原生物研究所	2	0	0.0	0.0