R语言下食管鳞状细胞癌关键驱动基因富集分析的生物信息学研究

• 作者: 王子明 李新阳 姚歌 王钰鲲 王新帅 原翔 张广平
• 来源期刊: 食管疾病
• 关键词: 食管鳞癌 差异表达基因 关键基因 富集分析 PPI 生存分析
• 年，卷（期）: 2020,（1）
• 页码范围: 55-62
• 页数: 8页
• 分类号: R735.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.15926/j.cnki.issn2096-7381.2020.01.011

摘要

目的 本研究利用食管鳞状细胞癌(ESCC)相关微表达矩阵芯片数据,筛选出与ESCC发生、发展显著相关的关键通路及关键基因,并对关键基因所在的功能模块进行GO和KEGG富集分析、蛋白-蛋白相互作用分析以及关键基因在ESCC患者中的生存分析.方法 从GEO数据库获得了GSE38129微表达矩阵芯片数据,利用R语言及其相关的软件包进行数据处理和差异表达分析,所有差异表达基因选取“FDR＜0.05及logFC≥2或log2FC≤-2”为阈值.结果 本研究筛选出51个上调基因和81个下调基因进行GO和KEGG富集分析,并将筛选出来的关键基因进行生存预后分析,表明PBK、VCAN、DLGAP5、ADAT2、TOP2A与ESCC生存期相关.结论 利用生物信息学方法筛选出ESCC发生、发展过程中的关键基因和信号通路,为ESCC的诊疗提供潜在的候选靶点.