石斛JmjC基因家族的鉴定及响应不同光周期的表达分析

• 作者: 付帅 刘蒲东 叶炜 张舒婷 徐涵 林玉玲 赖钟雄 赵桦 陈裕坤
• 来源期刊: 园艺学报
• 学科: 农学
• 关键词: 铁皮石斛 金钗石斛 DoJMJ 全基因组鉴定 光周期
• 年，卷（期）: 2020,（8）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1505-1520
• 页数: 16页
• 分类号: S567
• 语种: 中文
• DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2019-0933

摘要

利用生物信息学方法对石斛组蛋白去甲基化关键酶基因JmjC进行全基因组鉴定,通过qRT-pCR检测DoJMJ组织表达模式及对不同光周期的响应.结果 表明,在铁皮石斛(Dendrobium officinale)基因组上共鉴定到17个JmjC,保守结构域分析结果显示,该家族蛋白划分为5个亚家族(JARID1、JHDM3、JHDM2、JMJD6和JmjC-only),各亚家族所含保守结构域数量不等;基因结构分析发现,各亚家族的外显子和内含子数量有所差异,同一亚家族具有相似的外显子/内含子结构;启动子顺式作用元件分析发现DoJMJ家族成员启动子区域有诸多Auxin、ABA、GA、MeJA、SA等激素响应元件及光、干旱、低温、防御和胁迫等环境信号响应元件;qRT-PCR数据表明,金钗石斛(Dendrobium nobile)中该家族10个成员在茎和叶片中表达量较高,少数成员在根中的表达较高,所有成员在果实中表达均较低,推测DoJMJ主要在茎和叶片发育过程发挥作用;此外,该家族成员在不同光周期下呈现不同的表达模式,1 1个成员在12h(光照)/12h(黑暗)下表达量较高,少数成员在4h/20h、8h/16h、24 h/0h光周期下高表达.