基于高通量分子对接虚拟筛选SARS-CoV-23CL水解酶中药小分子抑制剂及抗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的中药及其复方预测

• 作者: 刘孝云 刘辰 孙启慧 容蓉 张贵晟 杜海涛 杨勇 闫滨 马青云 齐冬梅
• 来源期刊: 中草药
• 学科: 医学
• 关键词: 分子对接 新型冠状病毒 新型冠状病毒肺炎 3CL水解酶 中药小分子抑制剂 网络药理学 甘草-桑白皮 金银花-连翘
• 年，卷（期）: 2020,（6）
• 所属期刊栏目: 抗新冠肺炎专栏
• 页码范围: 1397-1405
• 页数: 9页
• 分类号: R285.5
• 语种: 中文
• DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2020.06.004

摘要

目的 基于中药系统药理学数据库和分析平台TCMSP,运用计算机虚拟筛选技术寻找新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶的中药小分子抑制剂,推测潜在抗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)中药及中药复方.方法 以SARS-CoV-2 3CL水解酶蛋白为靶点,利用Autodock Vina软件和Python脚本实现高通量分子对接,结合“ADME-Lipinski”规则进行再次筛选,以优选活性成分,推测关键中药及复方.基于网络药理学角度,构建成分-靶点-通路网络,推测核心药对的作用机制.结果 以SARS-CoV-2原配体为阳性对照,筛选出66个药动学性质良好的天然小分子抑制剂,优选出12味中药单味药,2个中药药对甘草-桑白皮和金银花-连翘,以及桑菊饮、桑菊饮合银翘散加减等12个中药处方作为抗SARS-CoV-2的候选方案.结论 基于高通量分子对接技术虚拟筛选SARS-CoV-2 3CL水解酶的中药小分子抑制剂及中药,结合网络药理学分析潜在分子机制,为中药抗击SARS-CoV-2提供了科学指导与理论依据.