长牡蛎性腺中调控型非编码RNA的生物信息学

• 作者: 冯艳微 孙国华 杨建敏 王卫军 王雪 马敬俊 骆启豪
• 来源期刊: 水产学报
• 学科: 农学
• 关键词: 长牡蛎 非编码微小RNA 长链非编码RNA 环状RNA RNA-seq技术
• 年，卷（期）: 2020,（5）
• 页码范围: 723-734
• 页数: 12页
• 分类号: Q785|S968.3
• 字数: 5552字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11964/jfc.20190211659

摘要

本研究以日照海域同一家系的2龄长牡蛎性腺为研究对象,通过small RNA-seq和RNA-seq技术筛选和鉴定出大量的非编码微小RNA(miRNA)、长链非编码RNA(lncRNA)和环状RNA(circRNA),并对其进行了生物学特征分析.结果显示,以斑马鱼为参考序列,获得25～30个已知miRNA成熟体和51～63个已知miRNA前体,预测到53～71个新miRNA成熟体和53～77个新miRNA前体;长牡蛎miRNA长度分布为18～26个核苷酸(nt),其中分布在20～22 nt长度的miRNA数量最多,且miRNA首位碱基多为U.测序分析获得2302～2349个注释lncRNA转录本,预测到20083～24114个新lncRNA转录本,其中基因间型lncRNA(lincRNA)、内含子lncRNA(intronic lncRNA)、反义lncRNA(anti-sense lncRNA)分别占29.0％、62.1％和8.9％;长牡蛎lncRNA的基因组特征与其他真核生物的lncRNA基因组特征相似,与mRNA相比,外显子(exon)个数少,转录本长度较短,表达水平低.测序分析共获得383个circRNA,其中平均88.54％来源于exon,平均4.51％来源于intronic,平均6.95％来源于intergenic,且鉴定出内源性circRNA潜在大量的miRNA结合位点.研究结果为后续研究长牡蛎调控型ncRNA的表达规律和生物学功能奠定了基础.