副溶血弧菌TF2中整合接合元件ICEVpaTF2的生物信息学特征和剪切、环化活性

• 作者: 李卓波 李颖颖 程子骞 罗鹏 谢媚
• 来源期刊: 微生物学报
• 关键词: 副溶血弧菌 SXT/R391元件 ICEVpaTF2 生物信息学特征 剪切和环化
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 815-825
• 页数: 11页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20190336

摘要

[目的]从副溶血弧菌TF2基因组框架序列中拼接获得整合性接合元件(ICE) ICEVpaTF2的全序列,分析其基因组学特征;研究ICE VpaTF2是否具有从基因组中剪切、环化活性以及剪切、环化时attB和attP位点如何形成.[方法]对副溶血弧菌TF2基因组框架序列进行RAST注释,发现其基因组中可能存在一个完整的ICE元件,命名为ICE VpaTF2,经过人工拼接和PCR扩增测序验证,得到完整的ICEVpaTF2序列,并对ICE VpaTF2再次进行RAST注释和ICE元件部分特征分析.通过PCR检测,探索ICEVpaTF2是否能够从基因组剪切并环化.通过attL、attR、attB、attP位点序列比较,探索attB和attP重组特征.[结果]ICE VpaTF2全长83588 bp,包含SXT/R391家族ICE元件的52个保守核心基因,它们与ICE切除、整合、自我转移和调节机制相关.ICEVpaTF2也包含5个外源基因插入的热点区(HS)、2个可变区(VR)以及3个非典型插入位点.HS和VR包含了大量可变基因,它们负责编码限制性修饰系统、DNA修复系统或毒素-抗毒素系统等,赋予宿主广泛适应性功能,ICE VpaTF2也包含独特未知功能基因.通过对int、xis二个核心保守基因种系发生分析,发现ICEVpaTF2的int、xis分别属于以R391和SXT为代表的亚群.ICEVpaTF2在attL和attR处发生剪切并完成环化,新形成杂合重组的attB和attP位点.[结论]ICE VpaTF2属于SXT/R391家族,是一个具备自我剪切和环化能力的完整ICE元件,剪切后新形成的attB和attP位点由attL、attR杂合重组形成.