陆川猪ANKRD1基因克隆及其表达差异分析

• 作者: 关志惠 潘鹏丞 焦迪 谢婉 谢炳坤 陈宝剑
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 陆川猪 ANKRD1基因 克隆 生物信息学 组织表达谱
• 年，卷（期）: 2020,（6）
• 所属期刊栏目: 畜牧·兽医·水产·蚕桑
• 页码范围: 1470-1477
• 页数: 8页
• 分类号: S828.89
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-1191.2020.06.029

摘要

[目的]克隆陆川猪心肌锚蛋白重复域1基因(ANKRD1),并进行生物信息学及组织表达谱分析,为研究ANKRD1在陆川猪机体内的功能作用提供参考依据.[方法]根据NCBI已公布的野猪ANKRD1基因序列(NM_213922.1)设计特异性引物,采用TRIzol法提取陆川猪心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌和皮下脂肪的总RNA,反转录合成cDNA,并以此为模板进行ANKRD1基因克隆,通过MegAlign、Protaram、Protscale、MHMM Server和Sig-nalP等在线分析软件进行生物信息学分析,最后以实时荧光定量PCR检测ANKRD1基因在陆川猪各组织中的表达情况.[结果]陆川猪ANKRD1基因蛋白编码区(CDS)序列全长960 bp,编码319个氨基酸残基,与NCBI已公布野猪ANKRD1基因(NM_213922.1)的CDS序列存在4处碱基突变,但均为同义突变,二者的ANKRD1氨基酸序列同源性为99.6％.陆川猪ANKRD1基因编码蛋白分子量为36125.70 Da,理论等电点(pI)为7.09,属于稳定蛋白,其二级结构中α-螺旋占46.39％、无规则卷曲占39.81％、β-转角占9.09％、延伸链占4.70％;陆川猪ANKRD1蛋白不存在跨膜结构,也无信号肽,有多个磷酸化位点.陆川猪ANKRD1基因在其心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌和皮下脂肪等7个组织中均有表达,其中以心脏中的相对表达量最高,显著高于在其他组织中的相对表达量(P<0.05,下同),在脾脏中的相对表达量最低,显著低于在心脏、肝脏、肺脏和背最长肌中的相对表达量.[结论]ANKRD1基因在陆川猪的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌和皮下脂肪等组织中均有表达,且存在明显差异,故推测ANKRD1基因在不同组织中发挥不同作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	谢婉	广西大学动物科学技术学院	2	0	0.0	0.0
2	潘鹏丞	广西大学动物科学技术学院	1	0	0.0	0.0
3	焦迪	广西大学动物科学技术学院	1	0	0.0	0.0