黄瓜ERF基因家族鉴定及其在雌花芽分化中的表达分析

• 作者: 何欢乐 温海帆 潘俊松 潘健 王刚 蔡润 连红莉
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 黄瓜 乙烯信号 雌花发育 ERF基因 性别决定
• 年，卷（期）: 2020,（1）
• 所属期刊栏目: 专题:黄瓜分子生物学
• 页码范围: 133-147
• 页数: 15页
• 字数: 6137字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2020.01.013

摘要

[目的]通过以黄瓜9930_V2版本基因组为参照进行生物信息学分析,对ERF基因家族在基因组中的数量、结构以及表达特征进行分析,为研究ERF转录因子在黄瓜雌花分化与发育中的作用提供数据支持.[方法]根据已报道的拟南芥ERF,利用黄瓜基因组数据库中9930_V2版本基因组进行BLAST比对,通过MEGA、MEME、TBtools、ExPASy等工具进行生物信息学分析.采用qRT-PCR方法检测不同性型黄瓜材料、雌花发育初期不同阶段中ERF基因家族成员的表达水平.采用酵母单杂交方法验证家族成员与乙烯响应元件GCC-box的互作.[结果]从黄瓜材料9930基因组中鉴定得到138个ERF基因家族成员,共分为10个亚族,编码氨基酸长度介于126—745.按照基因家族成员在染色体上的位置分布,将其命名为CsERF1-CsERF138.多序列比对和motif分析结果表明,黄瓜ERF基因家族均具有AP2/ERF结构域,其中4个成员具有B3结构域.表达分析结果显示,在不同性型材料中共有19个ERF家族成员差异表达,其中9个在FFMMAA基因型中高表达,10个在ffMMAA基因型中高表达.通过雌花芽发育初期ERF家族成员的表达趋势分析,发现31个ERF随子房发育表达上调,30个表达下调.初步证明CsERF9和CsERF31具有结合GCC-box元件的功能.[结论]从黄瓜基因组中鉴定出138个ERF基因家族成员,均拥有1个或多个AP2/ERF结构域;其中部分成员在不同性型材料中差异表达,并可能参与雌花分化初期的基因表达调控;部分成员具有结合保守元件GCC-box调控下游基因表达的功能.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	蔡润	上海交通大学农业与生物学院	106	2429	24.0	46.0
2	何欢乐	上海交通大学农业与生物学院	73	1852	20.0	42.0
3	潘俊松	上海交通大学农业与生物学院	86	2137	22.0	44.0
4	王刚	上海交通大学农业与生物学院	133	1228	13.0	34.0
5	潘健	上海交通大学农业与生物学院	8	26	3.0	5.0
6	连红莉	上海交通大学农业与生物学院	2	0	0.0	0.0
7	温海帆	上海交通大学农业与生物学院	1	0	0.0	0.0