蒙古栎叶片的转录组测序及基因功能注释

• 作者: 王国宝 王勇 秦利
• 来源期刊: 蚕业科学
• 关键词: 蒙古栎 叶片 转录组 从头组装 功能注释
• 年，卷（期）: 2020,（5）
• 所属期刊栏目: 研究报告|Research Papers
• 页码范围: 560-565
• 页数: 6页
• 分类号: S792.186
• 语种: 中文
• DOI: 10.13441/j.cnki.cykx.2020.05.005

摘要

蒙古栎(Quercus mongolica)是我国北方阔叶树主要建群种,采用RNA-seq技术对蒙古栎叶片的转录组进行测序.通过Illumina测序平台共获得52 076 914条有效reads,从头组装共得到24 196个UniGene,平均长度为732 bp.根据GO功能注释,共有17 561个UniGene可以注释到分别对应于细胞组分、分子功能、生物学过程的674、1 909、2 842个GO term.KEGG富集分析表明,9 189个UniGene被富集到138条代谢途径,主要包括植物-病原体相互作用、剪接体、内吞、内质网蛋白质加工、植物激素信号转导等.根据eggNOG分类注释结果,19 378个UniGene富集到25个功能类别中.NCBI_nr库注释结果表明,蒙古栎与核桃(Juglans regia)之间可能存在较近的亲缘关系.研究结果扩充了蒙古栎的基因资源,为进一步挖掘蒙古栎的功能基因信息提供了理论基础.