巴戟天实时荧光定量PCR内参基因的选择

• 作者: 叶友杰 杨德明 荣俊冬 谢德金 郑郁善 陈礼光 黄霞
• 来源期刊: 中草药
• 学科: 医学
• 关键词: 巴戟天 内参基因 实时荧光定量PCR 基因表达 甘油醛-3-磷酸脱氢酶 肌动蛋白
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 药材与资源
• 页码范围: 1060-1068
• 页数: 9页
• 分类号: R282.12
• 语种: 中文
• DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2020.04.033

摘要

目的 选择合适的内参基因,用于巴戟天不同组织和不同处理的叶中目标基因表达量的分析检测.方法 以巴戟天不同组织和不同处理的叶为材料,根据巴戟天转录组数据,选择甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、细胞色素P450 (cytochrome P450,CYP)、微管蛋白α(tubulin alpha,TUA)和肌动蛋白(Actin)基因等10个内参基因作为候选基因.利用实时荧光定量技术,并结合geNorm、NormFinder和BestKeeper等软件分析内参基因的表达稳定性,从而筛选出巴戟天不同组织和不同处理叶中表达稳定的内参基因.选择合适的内参基因对巴戟天的1-脱氧木酮糖-5磷酸合成酶(DXS)和1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(DXR)基因在不同组织和不同处理的叶中相对表达量进行分析.结果 内参基因GAPDH和泛素(UBQ)在巴戟天不同组织中表达最稳定,GAPDH+UBQ的双内参组合能够更加准确地分析目的基因在巴戟天不同组织的相对表达量,而在不同处理的叶中GAPDH和Actin表达稳定性最好,选择GAPDH+Actin的双内参组合可以确保目的基因相对分析表达结果的可靠性.在巴戟天不同组织中,DXS目的基因的相对表达量为根＜茎＜叶,DXR的相对表达量为茎＜根＜叶.在巴戟天不同处理的叶中,DXS和DXR基因的相对表达量相对于未处理的叶(CK)都有所提高.结论 筛选得到的稳定内参基因为后续巴戟天相关基因表达研究奠定基础,使用2个稳定内参的组合对目的基因进行均一化处理有利于提高目的基因表达分析的准确性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	郑郁善	福建农林大学林学院	303	2600	26.0	39.0
2	陈礼光	福建农林大学林学院	136	1297	21.0	30.0
3	荣俊冬	福建农林大学林学院	178	835	14.0	19.0
4	杨德明	福建农林大学林学院	9	10	2.0	3.0
5	谢德金	福建农林大学林学院	13	24	2.0	4.0
6	叶友杰	福建农林大学林学院	5	0	0.0	0.0
7	黄霞	福建农林大学林学院	7	24	3.0	4.0