高温胁迫条件下大菱鲆肾脏转录组研究

• 作者: 刘晓菲 杨凯 杨双双 马爱军 黄智慧
• 来源期刊: 渔业科学进展
• 学科: 农学
• 关键词: 大菱鲆 肾脏 高温胁迫 转录组 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2020,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 86-95
• 页数: 10页
• 分类号: S917.4
• 字数: 5368字
• 语种: 中文
• DOI: 10.19663/j.issn2095-9869.20181211001

摘要

为探索大菱鲆(Scophthalmus maximus)耐高温的分子机制,筛选耐高温相关基因,采用高通量测序平台(IlluminaHiSeq-2500)分别对5个不同高温处理组的大菱鲆肾脏组织开展转录组测序,进行生物信息学分析,包括GO(基因功能注释)、SSR(简单重复序列)分析等.结果 显示,通过组装得到Unigenes总数目为68525,长度范围为201～23456 bp,平均长度为1124 bp,N50长度为2316bp.将Unigenes分别在Nr、Swissprot、KEGG、KOG、GO数据库进行序列比对及功能注释,共注释25498条,其中,Nr数据库注释到的Unigenes最多;按GO功能分类,共分为细胞组分、分子功能及生物学过程3类,包括56个功能组,其中,大量Unigenes与细胞进程、代谢过程、催化活性、生物调节、应激反应相关.将Unigenes进行pathway注释,归属于218条代谢通路,分为5类KEGG途径:代谢途径、遗传信息处理、细胞过程、环境信息和生物系统.进行转录因子分析,共检测到65类转录因子,其中,C2H2锌指蛋白家族的基因数目最多.通过对不同温度胁迫下基因表达谱结果进行分析,不同温度组之间存在着显著差异,在不同温度胁迫组中,20℃组与28℃组存在差异最大,差异基因达到4734个,其中,上调基因3386个,下调基因1348个.本研究建立了大菱鲆热应激肾脏转录组数据库,为大菱鲆高温胁迫分子机理研究提供了参考数据.