月腺大戟素A抗乳腺癌作用机制转录组分析

• 作者: 周瑾 周艳卿 李群英 焦杨 覃福礼 赵亮 须秋萍
• 来源期刊: 中草药
• 学科: 医学
• 关键词: 月腺大戟素A 乳腺癌 RNASeq 转录组 功能基因 代谢通路 高通量测序平台
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 药理与临床
• 页码范围: 1003-1015
• 页数: 13页
• 分类号: R285.5
• 语种: 中文
• DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2020.04.026

摘要

目的 利用二代测序技术筛选出具有显著性变化的基因,并探讨月腺大戟素A在转录组学层面上抗乳腺癌活性的作用机制.方法 从月腺大戟药材中提取乙酰间苯三酚类化合物月腺大戟素A,对MCF-7细胞(乳腺癌细胞的luminalA型)进行干扰,观察被干扰后的细胞与正常细胞差异基因表达,采用二代高通量测序平台(Illumina Hi-Seq)测序技术分别对对照组和实验组各3个样本进行高通量转录组测序并进行数据分析.结果 对照组和实验组分别总获得123 656 848、123 974 262个干净序列(clean reads),分别对比到参考基因组上的序列为119 762 214、119 881 622,各占总数的96.85％、96.69％;2组转录组对照可得:差异基因总数为1 695个,其中上调基因770个,下调基因925个,可清楚注释的基因有3 874个.应用基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia ofgenes and genomes,KEGG)进行生物功能富集分析,GO分析发现这3 874个基因主要涉及生物过程(1 270个)、细胞组成(1 322个)与分子功能(1 282个)3个大类的45个小类,包括细胞的生长发育过程、信号蛋白活性、膜以及基因表达的调控等过程;KEGG分析发现差异表达基因涉及263条信号通路,主要代谢通路为PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路;以及碳水化合物代谢、心肌系统和细胞生殖系统等生物过程.结论 利用二代高通量测序平台测序技术一共筛选、鉴定出差异基因1 695个,更深入了解了月腺大戟素A与MCF-7细胞基因之间的相互关系,为乳腺癌治疗提供了一些理论基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	焦杨	广西医科大学药学院药理教研室	78	866	17.0	24.0
2	覃福礼	广西医科大学药学院药理教研室	3	5	1.0	2.0
3	赵亮	上海市宝山区罗店医院药剂科	5	1	1.0	1.0
4	周艳卿	上海市宝山区罗店医院药剂科	1	0	0.0	0.0
5	周瑾	上海市宝山区罗店医院药剂科	4	1	1.0	1.0
6	须秋萍	上海市宝山区罗店医院药剂科	2	0	0.0	0.0
7	李群英	上海市宝山区罗店医院药剂科	3	0	0.0	0.0