翘嘴鲌两种生长激素受体基因结构及微卫星多态性与生长性状的相关性

• 作者: 刘加林 刘士力 程顺 蒋文枰 贾永义 赵金良 迟美丽 郑建波 顾志敏
• 来源期刊: 水产学报
• 学科: 农学
• 关键词: 翘嘴鲌 生长激素受体 序列分析 微卫星 生长性状
• 年，卷（期）: 2020,（6）
• 页码范围: 894-906
• 页数: 13页
• 分类号: Q786|S917.4
• 字数: 8039字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11964/jfc.20190211669

摘要

为了更好地研究翘嘴鲌两种生长激素受体(GHR)的结构和功能,实验以翘嘴鲌转录组中获得的mRNA为基础,对其DNA序列进行了克隆.在进行生物信息学分析的同时,对其中的多态性微卫星位点在120尾同批繁殖、同塘养殖的翘嘴鲌个体中进行了分析.GHR1的cDNA序列长度为3498 bp,开放阅读框(ORF)为1818 bp,编码605个氨基酸;GHR2的cDNA序列长度为1743 bp,ORF为1743 bp,编码580个氨基酸;GHR1和GHR2氨基酸序列均由信号肽、胞外区、跨膜区、胞内区组成,相似度为37.2％.二者在结构上存在较大的差异:GHR1胞外区有7个半胱氨酸残基,而GHR2只有5个,且GHR1比GHR2多3个N-糖基化位点;在胞内区,GHR1存在10个酪氨酸残基而GHR2只有5个,这些差异表明二者可能具有不同的生物学功能.同源氨基酸序列比对发现,GHR与其他鲤科鱼类的同源基因保守性较高.翘嘴鲌2个GHR各包含9个内含子,其中GHR1内含子1和2序列在10 kb以上,本实验没有对其进行扩增.所获得的序列中共发现了6个微卫星位点:GHR1中微卫星位点(CT)6位于第2外显子中,为信号肽编码序列的一部分,位于第8内含子中的(AC)5经检测没有多态性;GHR2中具有4个微卫星位点,位于第1内含子中的(TG)5及第7个内含子中的(TATC)5(AT)15(AC)11(AT)14(TG)6和(TA)15属于高度多态性位点(PIC>0.5),第6个内含子中的(GAAG)5属中度多态性位点(PIC=0.463).第7内含子中的2个微卫星位点检测到基因型数目分别为50和61,具有良好的个体识别潜力.关联分析结果表明这4个多态性微卫星位点与生长性状具有一定相关性.翘嘴鲌GHR基因的克隆以及序列中微卫星的特征分析为深入研究其生物学功能及分子标记辅助育种提供助力与参考.