SLAF-seq BSA定位水稻黄叶转绿基因grc2的效果研究

• 作者: 余东 康伟伟 李哲理 段美娟 盛夏冰 袁定阳 谭炎宁
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 基因定位 质量性状基因 特异性位点扩增片段测序(SLAF-seq) 分群分析法(BSA) 水稻
• 年，卷（期）: 2020,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 381-388
• 页数: 8页
• 分类号: S336
• 字数: 4751字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2020.03.001

摘要

将传统分群分析法(bulk segregant analysis,BSA)与全基因组特异性位点扩增片段测序手段(specific-locus amplified fragment sequencing,SLAF-seq)深度整合的SLAF-seq BSA技术为快速定位质量性状基因提供了可能.然而,对这一技术的定位准确性程度却少有报道.本研究以水稻(Oryza sativa)黄化转绿基因grc2(green-revertible chlorina,grc2)为对象,分析了SLAF-seq BSA定位结果与传统图位定位结果的差异.首先,通过简化基因组测序获得了在'grc2'突变体和正常叶色水稻'Y58S'之间表现出单核苷酸多态性的5302个SLAF标记;然后,利用Y58S/grc2的F2群体中的100个野生型单株和100个突变型单株构建了两个极端混池,再通过自动化计算各SLAF标记在极端混池中的父母本基因型频率,筛选到了符合在0.01水平满足父本('grc2')、母本('Y58S')基因型在野生型混池中为33:66且在突变型混池中为99:1的关联标记共13个,这些标记集中分布在Chr06前臂的0.98～1.21 Mb与1.57～1.99 Mb两个相邻区域.经连锁分析发现,第1区域的关联标记AM1、AM6与grc2基因的遗传距离仅为0.625和0 cM;将关联标记比对至日本晴参考基因组后,发现第1关联区域恰好覆盖了grc2基因的传统定位区间,表明SLAF-seq BSA的定位结果具有参考价值.本研究结果为支撑SLAF-seq BSA能快速关联质量性状基因提供了证据.