基于SNP芯片分析青峪猪保种群体的遗传结构

• 作者: 刘彬 廖坤 张顺华 朱砺 李强 沈林園 郭芝忺 陈映
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: SNP芯片 青峪猪 群体遗传结构
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 260-269
• 页数: 10页
• 分类号: S828.2
• 字数: 5218字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2020.02.007

摘要

为了更好地了解青峪猪在世代更替过程中遗传结构的变化,更好的保护和利用青峪猪遗传资源,本研究利用50K SNP芯片,对青峪猪保种群内141头(26头公猪,115头母猪)健康成年个体进行SNP测定,通过多种分析软件对青峪猪保种群体和各个世代进行系谱校正,进而实施群体遗传多样性、遗传距离以及遗传结构变化等分析.结果 显示,该封闭保种群由3个重叠世代构成,群体有效含量为12头,且整个群体可以分为6个含有公猪的家系和1个不含公猪的家系.其中,第3世代的有效群体含量最少,仅为3头,多态性标记比例随着世代的增加不断下降;141头青峪猪的平均遗传距离为(0.260 4士0.025 2),26头种公猪的遗传距离为(0.263 3±0.023 7).随着繁殖世代的增加,各世代群体的遗传距离有轻微的上升趋势,部分种猪之间的亲缘关系和遗传距离较近;在141头青峪猪群体中共检测到1 481个基因组上长纯合片段(runs of hemozygosity,ROH),78.01％的长度在200Mb以内,基于ROH值计算的近交系数表明整个群体的平均近交系数为0.055,且各世代的近交系数在不断上升,到第3世代时已经达到了0.075.综上所述,通过对青峪猪分子水平的群体遗传结构研究表明,该保种群体在闭锁的继代繁育过程中存在群体遗传多样性损失,需要加强选配或导入外血以确保青峪猪遗传资源的长期保存.