山茱萸bHLH2基因的克隆与分析

• 作者: 侯典云 凡贞洁 徐静雅 李志红 杨萌萌 王瑶瑶 王龙
• 来源期刊: 世界中医药
• 学科: 医学
• 关键词: 山茱萸 转录组 转录因子 CobHLH2 基因 克隆 生物信息学 分析
• 年，卷（期）: 2020,（5）
• 所属期刊栏目: 专题——中药资源与本草基因组学
• 页码范围: 696-701
• 页数: 6页
• 分类号: R284
• 字数: 3525字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1673-7202.2020.05.007

摘要

目的:获得山茱萸转录因子CobHLH2的cDNA序列.方法:以山茱萸转录组测序数据中的c101916_g1序列为参考,利用Primer Premier 5.0软件在其开放阅读框两端设计特异性引物,把山茱萸果实总RNA反转录获得的cDNA作模板,通过PCR扩增、纯化回收和克隆测序,获得CobHLH2序列,并经生物信息学分析初步了解其基本结构与功能.结果:CobHLH2的ORF长度为795 bp,共编码264个氨基酸,为亲水性蛋白.CobHLH2蛋白的二级结构以无规卷曲和α-螺旋为主,有少量的β-转角和延伸链.多序列比对和系统进化树分析结果表明,CobHLH2的氨基酸序列与猕猴桃和茶树的bHLH类转录因子同源性较高.结论:首次获得山茱萸CobHLH2转录因子的cDNA序列,并进行了生物信息学分析,为深入研究bHLH类转录因子的结构和功能奠定基础.