韭菜全长转录组SSR信息分析及分子标记开发

• 作者: 吕爱芹 崔蕴刚 张华敏 李延龙 李纪军 李艺潇 陈建华
• 来源期刊: 园艺学报
• 学科: 农学
• 关键词: 韭菜 全长转录组 SSR 无融合生殖
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 759-768
• 页数: 10页
• 分类号: S633.3
• 语种: 中文
• DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2019-0589

摘要

利用MISA软件筛选韭菜(Allium tuberosum)全长转录组测序获得的49 876条(大于500bp)转录本序列(89.44Mb),共检测出13 111个SSR位点,分布在10 332条转录本中,SSR出现频率为26.29％,平均分布距离为6.82 kb.在搜索的6种SSR位点类型中,1～3个核苷酸重复类型占主要地位,占总SSR位点数的98.74％,其中单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复类型分别为66.55％、12.52％、19.67％.发现重复序列的基序有103个,其中二核苷酸和三核苷酸重复类型中出现频率高的基序有AC/GT (2.54％)、CA/TG (2.29％)、GAA/TTC (1.85％)和AAG/CTT (1.60％).重复序列的长度在10～ 289 bp之间,其中小于20bp的有11 128个(84.88％),大于20 bp的有1 983个(15.12％).根据这些SSR位点,共设计出3 311对SSR引物,在随机选取的208对引物中有164对(78.85％)能进行有效扩增,其中39对引物在24份韭菜种质资源中表现出多态性.利用多态性引物SSR41,鉴定出‘马蔺韭’ב791’后代中的6株有性生殖后代.以上结果表明,基于韭菜全长转录组测序开发的SSR标记可以为韭菜的遗传多样性分析、种质资源鉴定和有性生殖后代筛选提供充足可靠的标记来源.